Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...ccaaatcctacttgttgtatatgagcttagtaggattgttggatgatataaagtatgcacttgtaggtttttcacaaataatagtaatatgtttgtgcagGCGAATGGGTCGAACTTAGGACCTTGGAGTCCTAACATGGACACAGACCCTAGTGGGAGCAATGTGAATATGCTGATGGGAGTAGCAGAGGAGATGCTTA
Basic information
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G54950.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: AT3G54950.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA20G31990.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
ccaaatcctacttgttgtatatgagcttagtaggattgttggatgatataaagtatgcacttgtaggtttttcacaaat-aatagtaatatgtttgtg-cagGCGAATGGGTCGAACTTAGGACCTTGGAGTCCTAACATGGACACAGACCCTAGTGGGAGCAATGTGAATATGCTGATGGGAGTAGCAGAGGAGATGCTTA
|| || | | | |||| | | || | | ||| ||| | | | | | | | | | | || ||||| ||||| |||||||| | | || | || | || || |||| ||||| | ||| |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||| | |
-tggcagctggctggcat-tgaaatcttactgacaccattatagagctgagtgtaagcaatatttactagggtatattttagtttttacattattgtgacagGCAAATGGGTCAAGTATGGGGCGATGTGGACCCAATGTGGATACAGATTCAAGTCCCGGCAATGTGAAGATGCTGATAGGAATAGCAGAGGAGATGTTGA atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.atataaagtatgcacttgtaggtttttcacaaataatagtaatatgtttgtgcagGCGAATGGGTCGAACTTAGGACCTTGGAGTCCTAACATGGACACAGACCCTAGTGGGAGCAATGTGAATATGCTGATGGGAGTAGCAGAGGAGATGCTTA
tttttcacaaataata TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
ccaaatcctacttgttgtatatgagcttagtaggattgttggatgatataaagtatgcacttgtaggtttttcacaaataatagtaatatgtttgtgcagGCGAATGGGTCGAACTTAGGACCTTGGAGTCCTAACATGGACACAGACCCTAGTGGGAGCAATGTGAATATGCTGATGGGAGTAGCAGAGGAGATGCTTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
ccaaatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaataat