1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...cttttaaaaattggggattttgatgattggttagggttttctggtggagaattggagaaaccgaattgattgttggtgatttgtgtgttttgtgaagcagATAGGAACTCTGGAACTTTAAGTGGTCTTAGCAATTCAGAGAATGCTGTTCCAGCTGATGCCAAAAATCTACGTGTGAAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G54840.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTATCATCTATTCAGGGGTAAGCTATGGGATGTGCTTCTTCTCTTCCAG ATAGGAACTCTGGAACTTTAAGTGGTCTTAGCAATTCAGAGAATGCTGTTC
genomic: ATTATCATCTATTCAGGGGTAAGCTATGGGATGTGCTTCTTCTCTTCCAGgcaagttttg ... tgtgaagcagATAGGAACTCTGGAACTTTAAGTGGTCTTAGCAATTCAGAGAATGCTGTTC
ggagaattggagaaaccgaattgattgttggtgatttgtgtgttttgtgaagcagATAGGAACTCTGGAACTTTAAGTGGTCTTAGCAATTCAGAGAATGCTGTTCCAGCTGATGCCAAAAATCTACGTGTGAAG
aattgat putative branch site (score: 4)
aattgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cttttaaaaattggggattttgatgattggttagggttttctggtggagaattggagaaaccgaattgattgttggtgatttgtgtgttttgtgaagcagATAGGAACTCTGGAACTTTAAGTGGTCTTAGCAATTCAGAGAATGCTGTTCCAGCTGATGCCAAAAATCTACGTGTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- -ttaaaaa
- - - - - - - -gattttg
- - - - - - - - - - - - - - ggttagg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaccgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gatttgt