1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gttagctagtgttttttattgttttggttttatgttttcgaaaccaaaacgttgacaaatgttgggttctatgtcgtgcagCTACTTTGTTAGGCCTTTCCGTGACTTCTTTCGGATGGGTAATGAATTTGATCGTCTTCCTAATCGAAGAGTTCAACATCAAGAGCATCGCTGCTGCTCA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G45680.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGATCCAGGCAGCAAGCGCGGTGGATGGATCACTTTCCCGTTCATGCTCG CTACTTTGTTAGGCCTTTCCGTGACTTCTTTCGGATGGGTAATGAATTTGAEST: gi|19877671|gb|AU238502.1|AU238502
genomic: CGATCCAGGCAGCAAGCGCGGTGGATGGATCACTTTCCCGTTCATGCTCGgttagctagt ... tgtcgtgcagCTACTTTGTTAGGCCTTTCCGTGACTTCTTTCGGATGGGTAATGAATTTGA
EST: CGATCCAGGCAGCAAGCGCGGTGGATGGATCACTTTCCCGTTCATGCTCG CTACTTTGTTAGGCCTTTCCGTGACTTCTTTCGGATGGGTAATGAATTTGA
genomic: CGATCCAGGCAGCAAGCGCGGTGGATGGATCACTTTCCCGTTCATGCTCGgttagctagt ... tgtcgtgcagCTACTTTGTTAGGCCTTTCCGTGACTTCTTTCGGATGGGTAATGAATTTGA
gttttatgttttcgaaaccaaaacgttgacaaatgttgggttctatgtcgtgcagCTACTTTGTTAGGCCTTTCCGTGACTTCTTTCGGATGGGTAATGAATTTGATCGTCTTCCTAATCGAAGAGTTCAACATCAAGAGCATCGCTGCTGCTCA
cgttgac putative branch site (score: 4)
atgtttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttagctagtgttttttattgttttggttttatgttttcgaaaccaaaacgttgacaaatgttgggttctatgtcgtgcagCTACTTTGTTAGGCCTTTCCGTGACTTCTTTCGGATGGGTAATGAATTTGATCGTCTTCCTAATCGAAGAGTTCAACATCAAGAGCATCGCTGCTGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT