1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...atgagcaaaaagaagtaaactttgttgtgtatgtaaccaaagttttgagcttgactcattgatgtgtttgtgtatgtgttgatgcattgtggttatgtagGAAGGAAGGTTGGATGAGAATGGACACTTGCAATGTTCGTATCATGGATGGTCATTTGGTGGGTGTGGATCTTGCACTAGGATTCCTCAGGCTGCTACTT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G44880.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATGGGCAGCCTTTGATGATCTCTGCCCTCACCGGCTCGCTCCTTTATCT GAAGGAAGGTTGGATGAGAATGGACACTTGCAATGTTCGTATCATGGATGGEST: gi|116476111|gb|EG518703.1|EG518703
genomic: AATGGGCAGCCTTTGATGATCTCTGCCCTCACCGGCTCGCTCCTTTATCTgtaatctctc ... ggttatgtagGAAGGAAGGTTGGATGAGAATGGACACTTGCAATGTTCGTATCATGGATGG
EST: AATGGGCAGCCTTTGATGATCTCTGCCCTCACCGGCTCGCTCCTTTATCT GAAGGAAGGTTGGATGAGAATGGACACTTGCAATGTTCGTATCATGGATGGEST: gi|125118150|gb|EL166985.1|EL166985
genomic: AATGGGCAGCCTTTGATGATCTCTGCCCTCACCGGCTCGCTCCTTTATCTgtaatctctc ... ggttatgtagGAAGGAAGGTTGGATGAGAATGGACACTTGCAATGTTCGTATCATGGATGG
EST: AATGGGCAGCCTTTGATGATCTCTGCCCTCACCGGCTCGCTCCTTTATCT GAAGGAAGGTTGGATGAGAATGGACACT
genomic: AATGGGCAGCCTTTGATGATCTCTGCCCTCACCGGCTCGCTCCTTTATCTgtaatctctc ... ggttatgtagGAAGGAAGGTTGGATGAGAATGGACACT
tgagcttgactcattgatgtgtttgtgtatgtgttgatgcattgtggttatgtagGAAGGAAGGTTGGATGAGAATGGACACTTGCAATGTTCGTATCATGGATGGTCATTTGGTGGGTGTGGATCTTGCACTAGGATTCCTCAGGCTGCTACTT
tgttgat putative branch site (score: 4)
ttatgta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atgagcaaaaagaagtaaactttgttgtgtatgtaaccaaagttttgagcttgactcattgatgtgtttgtgtatgtgttgatgcattgtggttatgtagGAAGGAAGGTTGGATGAGAATGGACACTTGCAATGTTCGTATCATGGATGGTCATTTGGTGGGTGTGGATCTTGCACTAGGATTCCTCAGGCTGCTACTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - -caaaaag
- - - - - - aagtaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - aaccaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttgt