Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...tctattatcttaaccaattgataggaaaaagtcttaattttgtgtttgttctgttttctggttatgagctcacatgtttgagattatctttctaacacagAAGCTTATGATGCACTTGATCCATATGGAAACATTACTATAAAATGGGATATTATGAGCTGGACTGGTGATGGTTATGTG
Basic information
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G29810.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: AT3G29810.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os05g32110.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
tctattatcttaaccaattgataggaaaaagtcttaattttgtgtttgttctgtt-ttctggttatgagctcacatgtttgagattatctttctaacacagAAGCTTATGATGCACTTGATCCATATGGAAACATTACTATAAAATGGGATATTATGAGCTGGACTGGTGATGGTTATGTG
|| |||| || || ||| | | ||| || ||| || | | || | | || | || || |||| ||||||||||| || |||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||| |||||| |||||
tcatggggcttattcatctgccgaactgctaatttacccccatttcgtttcccttgttcaggatcttgatatgcaactctttt-ttgttttcctcttgcagAGGCTTATGATGCGCTGGATCCAAATGGAAACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT
upper sequence: AT3G29810.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA13G06660.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
tctattatcttaaccaattgataggaaaaagtcttaattttgtgtttgttctgttttctggttatgagctcacatgtttgagattatctttctaacacagAAGCTTATGATGCACTTGATCCATATGGAAACATTACTATAAAATGGGATATTATGAGCTGGACTGGTGATGGTTATGTG
|| | | | | | | || | | | | | ||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || || || |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||
---------------------------------gtatccccctctccccttcatatattaattttaattttaagtttttctgtttatctttc------agaagCTTATGATCCACTTGATCCAAATGGAAATATCACAATCAAATGGGATATTATAAGCTGGACACCTGATGGCTATGTT
upper sequence: AT3G29810.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA19G04210.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
-tctattatcttaaccaattgataggaaaaagtcttaattttgtgtttgttctgttttctggttatgagctcacatgtttgagattatctttctaaca--cagAAGCTTATGATGCACTTGATCCATATGGAAACATTACTATAAAATGGGATATTATGAGCTGGACTGGTGATGGTTATGTG
| | | | | || || | | | || | | | | | | || | | | | |||||| || ||| | || | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||
tataagaagccttaggggttcattgattactttgccaaacccctctccccttcatatattaattttaatttaat---tttgagtttttctgtttatctttcagAAGCTTATGATCCACTTGATCCATATGGAAATATCACAATCAAATGGGATATCATAAGTTGGACCCCTGATGGTTATGTT atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.ttgttctgttttctggttatgagctcacatgtttgagattatctttctaacacagAAGCTTATGATGCACTTGATCCATATGGAAACATTACTATAAAATGGGATATTATGAGCTGGACTGGTGATGGTTATGTG
ttctaac putative branch site (score: 1)
ttatctttct CT-rich tract
attatcttt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
tctattatcttaaccaattgataggaaaaagtcttaattttgtgtttgttctgttttctggttatgagctcacatgtttgagattatctttctaacacagAAGCTTATGATGCACTTGATCCATATGGAAACATTACTATAAAATGGGATATTATGAGCTGGACTGGTGATGGTTATGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - -aaccaat
- - - - - - - - - - - - gaaaaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctcacat