Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...gtttgataagtaattgattatcaatgatttgaattgcttggtcttgttgaatatggtagaagaaaaggctttgtaaatttattttaaaaggtgattgcagACGCGGGGAGTGATATCAGACTTGTTTGGATTGTGTACTGATGCAAAGACTGCAACAGAAGTTAAAGAAGAGGAGATAGAGAATCTAATAAAACCTCTTG
Basic information
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G07930.3 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|86079635|gb|DR375392.1|DR375392EST: GGCGGGTGCTGGTCATATGTATGCTTCTCAACAAAACATCTG----AC-G -CG-GGG-AGTGATATCAGACTTGTTTGGATTGTGTACTGATGCAAAGACT
genomic: GGCGGGTGCTGGTCATATGTATGCTTCTCAACAAAACATCTGGTGCACAGgtttttcctc ... gtgattgcagACGCGGGGAGTGATATCAGACTTGTTTGGATTGTGTACTGATGCAAAGACT
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.gttgaatatggtagaagaaaaggctttgtaaatttattttaaaaggtgattgcagACGCGGGGAGTGATATCAGACTTGTTTGGATTGTGTACTGATGCAAAGACTGCAACAGAAGTTAAAGAAGAGGAGATAGAGAATCTAATAAAACCTCTTG
aaaaggctttgtaaat TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtttgataagtaattgattatcaatgatttgaattgcttggtcttgttgaatatggtagaagaaaaggctttgtaaatttattttaaaaggtgattgcagACGCGGGGAGTGATATCAGACTTGTTTGGATTGTGTACTGATGCAAAGACTGCAACAGAAGTTAAAGAAGAGGAGATAGAGAATCTAATAAAACCTCTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT