1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtaatctcttcaaaaagctatacccttttgatttcattggttgtttcatctggtcaagtttgagacctttagctctatagtagagaagcaaagctcgctgctttagatgtatgtgttgaacattgtttagtgtcttcaaagtttttcatcttttctttctttttgtctactgtgtagATTTTAGTTGAGACTGATCTCATGGGGAGACAAGCAAGTTCTGCAGTCACGGTGACAGATGGAGAAACT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G04450.2 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GACTCCGTCGGCGATGGGTTTCTGTCAAAATTCCACTCGGAAATAGAGAG ATTTTAGTTGAGACTGATCTCATGGGGAGACAAGCAAGTTCTGCAGTCACG
genomic: GACTCCGTCGGCGATGGGTTTCTGTCAAAATTCCACTCGGAAATAGAGAGgtaatctctt ... tactgtgtagATTTTAGTTGAGACTGATCTCATGGGGAGACAAGCAAGTTCTGCAGTCACG
ttgtttagtgtcttcaaagtttttcatcttttctttctttttgtctactgtgtagATTTTAGTTGAGACTGATCTCATGGGGAGACAAGCAAGTTCTGCAGTCACGGTGACAGATGGAGAAACT
tttttcatcttttctt CT-rich tract
ttttctttcttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaatctcttcaaaaagctatacccttttgatttcattggttgtttcatctggtcaagtttgagacctttagctctatagtagagaagcaaagctcgctgctttagatgtatgtgttgaacattgtttagtgtcttcaaagtttttcatcttttctttctttttgtctactgtgtagATTTTAGTTGAGACTGATCTCATGGGGAGACAAGCAAGTTCTGCAGTCACGGTGACAGATGGAGAAACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA