1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ttagctttagtacttgcttatgcaaagtagattctttacaagattttgtgtcaatgaaacaaattagggacctgattttgggtttaaatgttggcttcagGCGGTTGATACTGCGGTTAGGGTTTTGAAGGAAGGAGGAATGGATGCGATTAAGCTCGAAGGAGGATCAGCTTCTAGGATCACTGCTGCAAAAGCTATAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G46110.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCCTAGTTGGTGACTTGCCATTTGGTACCTACGAGTCAAGCTCTAGTCAG GCGGTTGATACTGCGGNTAGGGTTTTGAAGGAAGGAGGAATGGATGCNATT
genomic: TCCTAGTTGGTGACTTGCCATTTGGTACCTACGAGTCAAGCTCTAGTCAGgtaatgttat ... ttggcttcagGCGGTTGATACTGCGGTTAGGGTTTTGAAGGAAGGAGGAATGGATGCGATT
ttgtgtcaatgaaacaaattagggacctgattttgggtttaaatgttggcttcagGCGGTTGATACTGCGGTTAGGGTTTTGAAGGAAGGAGGAATGGATGCGATTAAGCTCGAAGGAGGATCAGCTTCTAGGATCACTGCTGCAAAAGCTATAG
acctgat putative branch site (score: 4)
aatgaaacaaatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttagctttagtacttgcttatgcaaagtagattctttacaagattttgtgtcaatgaaacaaattagggacctgattttgggtttaaatgttggcttcagGCGGTTGATACTGCGGTTAGGGTTTTGAAGGAAGGAGGAATGGATGCGATTAAGCTCGAAGGAGGATCAGCTTCTAGGATCACTGCTGCAAAAGCTATAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - caaagta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tacaaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gattttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaacaaa