Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagttttaagctgctaatttcgatctctgtgtgtagaattctggaaattgtatttgtagcttaagttttttggtttggatttttagATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTACCTTATGCTTATGGATTTGCGATTATCTTGCTTACGATTATCGTCAAAGCAGCGACGTATCCTTTGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G28800.4
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125120879|gb|EL168365.1|EL168365
EST:     GTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAG                         ATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCA
genomic: GTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAGgtgagtttta ... ggatttttagATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCA
EST: gi|124798307|gb|EH887986.1|EH887986
EST:     GTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAG                         ATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTAC
genomic: GTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAGgtgagtttta ... ggatttttagATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTAC
EST: gi|124715079|gb|EH806481.1|EH806481
EST:     CTATGGAATTGGTTCTTAAG                         ATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTACCTTATGCTTATGGATTT
genomic: CTATGGAATTGGTTCTTAAGgtgagtttta ... ggatttttagATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTACCTTATGCTTATGGATTT
EST: gi|124846863|gb|EH931300.1|EH931300
EST:     TGGTGGTTGGTTTGGTTTTATTCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAG                         ATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTACCTTATGCTTATGGATTT
genomic: TGGTGGTTGGTTTGGTTTTA-TCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAGgtgagtttta ... ggatttttagATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTACCTTATGCTTATGGATTT
EST: gi|125243154|gb|EL257239.1|EL257239
EST:     GTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAG                         ATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTT
genomic: GTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAGgtgagtttta ... ggatttttagATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtagaattctggaaattgtatttgtagcttaagttttttggtttggatttttagATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTACCTTATGCTTATGGATTTGCGATTATCTTGCTTACGATTATCGTCAAAGCAGCGACGTATCCTTTGA
                                                ttttt  CT-rich tract
             aaattgtatttgta  TA-rich tract