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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttaagtttctgccattgatttttttcttatatcaattgggatttctaggttacttatgttatgagtctcgggctaatgagagatttgtgtttttaatgattttgtgtgtttcctctgattttaattagTGAATGGGACTGATAATTGTCGCTATTCGTCTTCCCTCGCTACTAAGGGCGTGGGACACCTCGCTCGCAAGGGTACTGGTGGGAGATCTTCCGTAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G20360.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86048717|gb|DR344472.1|DR344472
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EST: gi|116387772|gb|EG430364.1|EG430364
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EST: gi|86048723|gb|DR344478.1|DR344478
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EST: gi|86048716|gb|DR344471.1|DR344471
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EST: gi|116377195|gb|EG419787.1|EG419787
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EST: gi|86048731|gb|DR344486.1|DR344486
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genomic: GATCTATTCATCTTCTTCTCTCAGATCGCTCTACGGAGTCTCTAATCACCgttaagtttc ... ttttaattagTGAATGGGACTGATAATTGTCGCTATTCGTCTTCCCTCGCTACTAAGGGCG
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EST:     GATCTATTCATCTTCTTCTCTCAGATCGCTCTACGGAGTCTCTAATCACC                         TGAATGGGACTGATAATTGTCGCTTATTCGTCTTCCCTCGCTACTAAGGGC
genomic: GATCTATTCATCTTCTTCTCTCAGATCGCTCTACGGAGTCTCTAATCACCgttaagtttc ... ttttaattagTGAATGGGACTGATAATTGTCGCT-ATTCGTCTTCCCTCGCTACTAAGGGC
EST: gi|86048711|gb|DR344466.1|DR344466
EST:     GATCTATTCATCTTCTTCTCTCAGATCGCTCTACGGAGTCTCTAATCACC                         TGAATGGGACTGATAATDWGTCGCTATTCGTCTWCCCTCGCTACTAAGGGC
genomic: GATCTATTCATCTTCTTCTCTCAGATCGCTCTACGGAGTCTCTAATCACCgttaagtttc ... ttttaattagTGAATGGGACTGATAAT-TGTCGCTATTCGTCTTCCCTCGCTACTAAGGGC
EST: gi|86048690|gb|DR344445.1|DR344445
EST:     GATCTATTCATCTTCTTCTCTCAGATCGCTCTACGGAGTCTCTAATCACC                         TGAATGGGACTGATAATTGTCGCTATTCGTCTTCCCTCGCTACTAAGGGCG
genomic: GATCTATTCATCTTCTTCTCTCAGATCGCTCTACGGAGTCTCTAATCACCgttaagtttc ... ttttaattagTGAATGGGACTGATAATTGTCGCTATTCGTCTTCCCTCGCTACTAAGGGCG
EST: gi|86048735|gb|DR344490.1|DR344490
EST:     GATCTATTCATCTTCTTCTCTCAGATCGCTCTACGGAGTCTCTAATCACC                         TGAATGGGACTGATAATTGTCGCTATTCGTCTTCCCTCGCTACTAAGGGCG
genomic: GATCTATTCATCTTCTTCTCTCAGATCGCTCTACGGAGTCTCTAATCACCgttaagtttc ... ttttaattagTGAATGGGACTGATAATTGTCGCTATTCGTCTTCCCTCGCTACTAAGGGCG
EST: gi|86048736|gb|DR344491.1|DR344491
EST:     GATCTATTCATCTTCTTCTCTCAGATCGCTCTACGGANTCTCTAATCACC                         TGAATGGGACTGATAATTGTCGCTATTCGTCTTCCCTCGCTACTAAGGGCG
genomic: GATCTATTCATCTTCTTCTCTCAGATCGCTCTACGGAGTCTCTAATCACCgttaagtttc ... ttttaattagTGAATGGGACTGATAATTGTCGCTATTCGTCTTCCCTCGCTACTAAGGGCG
EST: gi|86048713|gb|DR344468.1|DR344468
EST:     GATCTATTCATCTTCTTCTCTCAGATCGCTCTACGGAGTCTCTAATCACC                         TGAATGGGACTGATAATTGTCGCTATTCGTCTTCCCTCGCTACTAAGGGCG
genomic: GATCTATTCATCTTCTTCTCTCAGATCGCTCTACGGAGTCTCTAATCACCgttaagtttc ... ttttaattagTGAATGGGACTGATAATTGTCGCTATTCGTCTTCCCTCGCTACTAAGGGCG
EST: gi|86048696|gb|DR344451.1|DR344451
EST:     GATCTATTCATCTTCTTCTCTCAGATCGCTCTACGGAGTCTCTAATCACC                         TGAATGGGACTGATAATTGTCGCTATTCGTCTTCCCTCGCTACTAAGGGCG
genomic: GATCTATTCATCTTCTTCTCTCAGATCGCTCTACGGAGTCTCTAATCACCgttaagtttc ... ttttaattagTGAATGGGACTGATAATTGTCGCTATTCGTCTTCCCTCGCTACTAAGGGCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taatgagagatttgtgtttttaatgattttgtgtgtttcctctgattttaattagTGAATGGGACTGATAATTGTCGCTATTCGTCTTCCCTCGCTACTAAGGGCGTGGGACACCTCGCTCGCAAGGGTACTGGTGGGAGATCTTCCGTAAG
                                   tttcctctgatttt  CT-rich tract
         atttgtgtttttaatg  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gttaagtttctgccattgatttttttcttatatcaattgggatttctaggttacttatgttatgagtctcgggctaatgagagatttgtgtttttaatgattttgtgtgtttcctctgattttaattagTGAATGGGACTGATAATTGTCGCTATTCGTCTTCCCTCGCTACTAAGGGCGTGGGACACCTCGCTCGCAAGGGTACTGGTGGGAGATCTTCCGTAAG

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATC