1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtaagtttctcttttgtgtgtgtttctaatcgaaacttttgtgtcaatttcaaatcggaaacctaattaatttgttcaattcgctgtgatgttaaaaacccctaattacgttaaatttggaattagGGTTTGTGTATTAGCTCTGTGTTATCAATGGAGACACAGCCGCAGCAACCACCTCCTCCTCCGGTAGCTGAGAAGCTGAATCCAAAACTGGAGAAGGAAC
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G03070.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCAAATCAAAGCCTTCTTCGAGATTTTGCGCATTCCTCGTTTTCTAATTC GGTTTGTGTATTAGCTCTGTGTTATCAATGGAGACACAGCCGCAGCAACCAEST: gi|19877005|gb|AU237836.1|AU237836
genomic: CCAAATCAAAGCCTTCTTCGAGATTTTGCGCATTCCTCGTTTTCTAATTCgtaagtttct ... ttggaattagGGTTTGTGTATTAGCTCTGTGTTATCAATGGAGACACAGCCGCAGCAACCA
EST: CCAAATCAAAGCCTTCTTCGAGATTTTGCGCATTCCTCGTTTTCTAATTC GGTTTGTGTATTAGCTCTGTGTTATCAATGGAGACACAGCCGCAGCAACCAEST: gi|116475757|gb|EG518349.1|EG518349
genomic: CCAAATCAAAGCCTTCTTCGAGATTTTGCGCATTCCTCGTTTTCTAATTCgtaagtttct ... ttggaattagGGTTTGTGTATTAGCTCTGTGTTATCAATGGAGACACAGCCGCAGCAACCA
EST: CCAAATCAAAGCCTTCTTCGAGATTTTGCGCATTCCTCGTTTTCTAATTC GGTTTGTGTATTAGCTCTGTGTTATCAATGGAGACACAGCCGCAGCAACCA
genomic: CCAAATCAAAGCCTTCTTCGAGATTTTGCGCATTCCTCGTTTTCTAATTCgtaagtttct ... ttggaattagGGTTTGTGTATTAGCTCTGTGTTATCAATGGAGACACAGCCGCAGCAACCA
ttgttcaattcgctgtgatgttaaaaacccctaattacgttaaatttggaattagGGTTTGTGTATTAGCTCTGTGTTATCAATGGAGACACAGCCGCAGCAACCACCTCCTCCTCCGGTAGCTGAGAAGCTGAATCCAAAACTGGAGAAGGAAC
ccctaat putative branch site (score: 3)
taattacgttaaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtttctcttttgtgtgtgtttctaatcgaaacttttgtgtcaatttcaaatcggaaacctaattaatttgttcaattcgctgtgatgttaaaaacccctaattacgttaaatttggaattagGGTTTGTGTATTAGCTCTGTGTTATCAATGGAGACACAGCCGCAGCAACCACCTCCTCCTCCGGTAGCTGAGAAGCTGAATCCAAAACTGGAGAAGGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA