Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtacttcccacagatttagtcttatatatagatgtgtatgtatcgtcttctatagctaaattgttataaaaatggcagGTGGCACAAGTTCTGTTGACATTACCATACTCGTTCTCACAACTTGGGATGATGTCGGGAATTTTGTTTCAACTCTTTTATGGATTAATGGGAAGTTGGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G77690.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116477708|gb|EG520300.1|EG520300
EST:     GGCATGGTGGTTCTGTCTACGATGCTTGGTTTAGTTGTGCTTCAAATCAG                         GTGGCACAAGTTCTGTTGACATTACCATACTCGTTCTCACAACTTGGGATG
genomic: GGCATGGTGGTTCTGTCTACGATGCTTGGTTTAGTTGTGCTTCAAATCAGgtatgtactt ... aaaatggcagGTGGCACAAGTTCTGTTGACATTACCATACTCGTTCTCACAACTTGGGATG
EST: gi|152038536|gb|AV827786.2|AV827786
EST:     GGCATGGTGGTTCTGTCTACGATGCTTGGTTTAGTTGTGCTTCAAATCAG                         GTGGCACAAGTTCTGTTGACATTACCATACTCGTTCTCACAACTTGGGATG
genomic: GGCATGGTGGTTCTGTCTACGATGCTTGGTTTAGTTGTGCTTCAAATCAGgtatgtactt ... aaaatggcagGTGGCACAAGTTCTGTTGACATTACCATACTCGTTCTCACAACTTGGGATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atatatagatgtgtatgtatcgtcttctatagctaaattgttataaaaatggcagGTGGCACAAGTTCTGTTGACATTACCATACTCGTTCTCACAACTTGGGATGATGTCGGGAATTTTGTTTCAACTCTTTTATGGATTAATGGGAAGTTGGA
                              agctaaa  putative branch site (score: 3)
                           tatagctaaattgtta  TA-rich tract