Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcctttctctcatcactattctttgattatcaataaaaaacaacaaaaaactatcttagtaatgttttaagcctatcaagattatgattattgaattcggaagccgttgaaaatgttgagtagctgatgtaattctctgttgtttaactctgcagGGTGTGACTTGTGATATCTATGATGAGCTTTGGTATGTAACTGCTCTAAGCTTTGGGACTATGAAAGACAACTCTCTTGCTTGTTCTGAAAGTCCAGTGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G68780.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86026177|gb|DR321930.1|DR321930
EST:     GGAATGGCTCTTATCTTTATCCTGACCCTTGTGGCTGGACTCCTATCCAG                         GGTGTGACTTGTGATATCTATGATGAGCTTTGGTATGTAACTGCTCTAAGC
genomic: GGAATGGCTCTTATCTTTATCCTGACCCTTGTGGCTGGACTCCTATCCAGgtcctttctc ... aactctgcagGGTGTGACTTGTGATATCTATGATGAGCTTTGGTATGTAACTGCTCTAAGC
EST: gi|86026178|gb|DR321931.1|DR321931
EST:     GGAATGGCTCTTATCTTTATCCTGACCCTTGTGGCTGGACTCCTATCCAG                         GGTGTGACTTGTGATATCTATGATGAGCTTTGGTATGTAACTGCTCTAAGC
genomic: GGAATGGCTCTTATCTTTATCCTGACCCTTGTGGCTGGACTCCTATCCAGgtcctttctc ... aactctgcagGGTGTGACTTGTGATATCTATGATGAGCTTTGGTATGTAACTGCTCTAAGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagccgttgaaaatgttgagtagctgatgtaattctctgttgtttaactctgcagGGTGTGACTTGTGATATCTATGATGAGCTTTGGTATGTAACTGCTCTAAGCTTTGGGACTATGAAAGACAACTCTCTTGCTTGTTCTGAAAGTCCAGTGA
                                         gtttaac  putative branch site (score: 3)
      ttgaaaat  TA-rich tract