1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gttagttctcactacatctgatcacgatccattttctgatttctatagagcttagtgtcggtgtgtgatttgaccggaatgaatgaatgaatgctcccaatgattgattgattgtccatagatcctaaaatccaacaatgaatttatgtccctggcggcatttagCTGGGGACTGGTTGCAGGGTCCGTATGTGTACTATCTCTACAGCACTTATGGCTTTGGAAAGGGAGAGATCGGTCAGCTCTTTATTGCTGGTTTTGGATC
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G64650.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTCAACTCCTTCAAGAACAACTATCTCCTCGTCTACTCTCTCATGATGG CTGGGGACTGGTTGCAGGGTCCGTATGTGTACTATCTCTACAGCACTTATGEST: gi|86062544|gb|DR358301.1|DR358301
genomic: CTTCAACTCCTTCAAGAACAACTATCTCCTCGTCTACTCTCTCATGATGGgttagttctc ... cggcatttagCTGGGGACTGGTTGCAGGGTCCGTATGTGTACTATCTCTACAGCACTTATG
EST: CTTCAACTCCTTCAAGAACAACTATCTCCTCGTCTACTCTCTCATGATGG CTGGGGACTGGTTGCAGGGTCCGTATGTGTACTATCTCTACAGCACTTATGEST: gi|86051061|gb|DR346816.1|DR346816
genomic: CTTCAACTCCTTCAAGAACAACTATCTCCTCGTCTACTCTCTCATGATGGgttagttctc ... cggcatttagCTGGGGACTGGTTGCAGGGTCCGTATGTGTACTATCTCTACAGCACTTATG
EST: CTTCAACTCCTTCAAGAACAACTATCTCCTCGTCTACTCTCTCATGATGG CTGGGGACTGGTTGCAGGGTCCGTATGTGTACTATCTCTACAGCACTTATGEST: gi|86062548|gb|DR358305.1|DR358305
genomic: CTTCAACTCCTTCAAGAACAACTATCTCCTCGTCTACTCTCTCATGATGGgttagttctc ... cggcatttagCTGGGGACTGGTTGCAGGGTCCGTATGTGTACTATCTCTACAGCACTTATG
EST: CTTCAACTCCTTCAAGAACAACTATCTCCTCGTCTACTCTCTCATGATGG CTGGGGACTGGTTGCAGGGTCCGTATGTGTACTATCTCTACAGCACTTATGEST: gi|19876555|gb|AU237386.1|AU237386
genomic: CTTCAACTCCTTCAAGAACAACTATCTCCTCGTCTACTCTCTCATGATGGgttagttctc ... cggcatttagCTGGGGACTGGTTGCAGGGTCCGTATGTGTACTATCTCTACAGCACTTATG
EST: CTTCAACTCCTTCAAGAACAACTATCTCCTCGTCTACTCTCTCATGATGG CTGGGGACTGGTTGCAGGGTCCGTATGTGTACTATCTCTACAGCACTTATGEST: gi|116485730|gb|EG528322.1|EG528322
genomic: CTTCAACTCCTTCAAGAACAACTATCTCCTCGTCTACTCTCTCATGATGGgttagttctc ... cggcatttagCTGGGGACTGGTTGCAGGGTCCGTATGTGTACTATCTCTACAGCACTTATG
EST: CTTCAACTCCTTCAAGAACAACTATCTCCTCGTCTACTCTCTCATGATGG CTGGGGACTGGTTGCAGGGTCCGTATGTGTACTATCTCTACAGCACTTATG
genomic: CTTCAACTCCTTCAAGAACAACTATCTCCTCGTCTACTCTCTCATGATGGgttagttctc ... cggcatttagCTGGGGACTGGTTGCAGGGTCCGTATGTGTACTATCTCTACAGCACTTATG
attgtccatagatcctaaaatccaacaatgaatttatgtccctggcggcatttagCTGGGGACTGGTTGCAGGGTCCGTATGTGTACTATCTCTACAGCACTTATGGCTTTGGAAAGGGAGAGATCGGTCAGCTCTTTATTGCTGGTTTTGGATC
tcctaaa putative branch site (score: 2)
aacaatgaatttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttagttctcactacatctgatcacgatccattttctgatttctatagagcttagtgtcggtgtgtgatttgaccggaatgaatgaatgaatgctcccaatgattgattgattgtccatagatcctaaaatccaacaatgaatttatgtccctggcggcatttagCTGGGGACTGGTTGCAGGGTCCGTATGTGTACTATCTCTACAGCACTTATGGCTTTGGAAAGGGAGAGATCGGTCAGCTCTTTATTGCTGGTTTTGGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC