1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...gcttcttgatactcttgatttatgccaatgcagttgttcagggtattccaatgtaaacatctactgatgaatttgtagagacttgtttttgtttatgcagGGCTTCTCCGGTATCCTTCTCCATATCCAACAATGGTTCGTCCTGGATTCATTATGCGGCCGCCTGGTACAATCGGTGCTGTTCAACTAGCACCACGACC
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G60200.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTATCCCGGAATTCATGGTGTTGCTCCTCCTGGTGCCATGCCTCCTCATG GGCTTCTCCGGTATCCTTCTCCATATCCAACAATGGTTCGTCCTGGATTCAEST: gi|164221747|gb|ES051059.1|ES051059
genomic: TTATCCCGGAATTCATGGTGTTGCTCCTCCTGGTGCCATGCCTCCTCATGgtgggttctt ... gtttatgcagGGCTTCTCCGGTATCCTTCTCCATATCCAACAATGGTTCGTCCTGGATTCA
EST: TTATCCCGGAATTCATGGTGTTGCTCCTCCTGGTGCCATGCCTCCTCATG GGCTTCTCCGGTATCCTTCTCCATATCCAACAATGGTTC
genomic: TTATCCCGGAATTCATGGTGTTGCTCCTCCTGGTGCCATGCCTCCTCATGgtgggttctt ... gtttatgcagGGCTTCTCCGGTATCCTTCTCCATATCCAACAATGGTTC
ttccaatgtaaacatctactgatgaatttgtagagacttgtttttgtttatgcagGGCTTCTCCGGTATCCTTCTCCATATCCAACAATGGTTCGTCCTGGATTCATTATGCGGCCGCCTGGTACAATCGGTGCTGTTCAACTAGCACCACGACC
tactgat putative branch site (score: 2)
tttttgttt putative PPT
ttgtttttgtttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcttcttgatactcttgatttatgccaatgcagttgttcagggtattccaatgtaaacatctactgatgaatttgtagagacttgtttttgtttatgcagGGCTTCTCCGGTATCCTTCTCCATATCCAACAATGGTTCGTCCTGGATTCATTATGCGGCCGCCTGGTACAATCGGTGCTGTTCAACTAGCACCACGACC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - ccaatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - attccaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtaaaca