1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...atataaatgttatacaaaatttgaccaaaaacgtttttaagaaatttgccacttcagttttaaattttacgtaactaactttaatttattaaatgattagGGATACGGAATGACGGAAGCAGGTCCAGTGCTAGCAATGTCGTTAGGTTTTGCAAAGGAACCTTTTCCGGTTAAGTCAGGAGCTTGTGGTACTGTTGTAA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G51680.3 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACTTGAAGATGCCGTTAATGCCAAGTTTTCCTAATGCCAAACTCGGTCAGG GGATACGGAATGACGGAAGCAGGTCCAGTGCTAGCAATGTCGTTAGGTTTEST: gi|124767668|gb|EH857798.1|EH857798
genomic: ACTTGAAGATGCCGTTAATGCCAAG-TTTCCTAATGCCAAACTCGGTCA-Ggtatattttt ... aaatgattagGGATACGGAATGACGGAAGCAGGTCCAGTGCTAGCAATGTCGTTAGGTTT
EST: GAAGATGCCGTTAATGCCAAGTTTCCTAATGTCCAAACTCGGTCAG GGATACGGAATGACGGAAGCAGGTCCAGTGCTAGCAATGTCGTTAGGTTTTEST: gi|124966262|gb|EL040377.1|EL040377
genomic: GAAGATGCCGTTAATGCCAAGTTTCCTAATG-CCAAACTCGGTCAGgtatattttt ... aaatgattagGGATACGGAATGACGGAAGCAGGTCCAGTGCTAGCAATGTCGTTAGGTTTT
EST: GACTTGAAGATGCCGTTAATGCCAAGTTTCCTAATGCCAAACTCGGTCAG GGATACGGAATGACGGAAGCAGGTCCAGTGEST: gi|124734596|gb|EH825998.1|EH825998
genomic: AACTTGAAGATGCCGTTAATGCCAAGTTTCCTAATGCCAAACTCGGTCAGgtatattttt ... aaatgattagGGATACGGAATGACGGAAGCAGGTCCAGTG
EST: ACTTGAAGATGCCGTTAATGTCCAAGTTTCCTAATGCCAAACTCGGTCAG GGATACGGAATGACGGAAGCAGGTCCAGTGCTAGCAATGTCGTTAGGTTTTEST: gi|125270993|gb|EL285078.1|EL285078
genomic: ACTTGAAGATGCCGTTAATG-CCAAGTTTCCTAATGCCAAACTCGGTCAGgtatattttt ... aaatgattagGGATACGGAATGACGGAAGCAGGTCCAGTGCTAGCAATGTCGTTAGGTTTT
EST: AACTTGAAGATGCCGTTAATGCCAAGTTTCCTAATGCCAAACTCGGTCAG GGATACGGAATGACGG
genomic: AACTTGAAGATGCCGTTAATGCCAAGTTTCCTAATGCCAAACTCGGTCAGgtatattttt ... aaatgattagGGATACGGAATGACGG
ttgccacttcagttttaaattttacgtaactaactttaatttattaaatgattagGGATACGGAATGACGGAAGCAGGTCCAGTGCTAGCAATGTCGTTAGGTTTTGCAAAGGAACCTTTTCCGGTTAAGTCAGGAGCTTGTGGTACTGTTGTAA
agttttaaattttacg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atataaatgttatacaaaatttgaccaaaaacgtttttaagaaatttgccacttcagttttaaattttacgtaactaactttaatttattaaatgattagGGATACGGAATGACGGAAGCAGGTCCAGTGCTAGCAATGTCGTTAGGTTTTGCAAAGGAACCTTTTCCGGTTAAGTCAGGAGCTTGTGGTACTGTTGTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - -atacaaa
- - - - - - - - - - - - -caaaaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -taagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aactaac