Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttcatttgatctcccctgttttggttttggatccaatttgattctaggaagcttaaaggttgatactttgtagaattagagctccaaagttttgatttttctttgtgggttttgattttgattgtgtttttgttttgttttatttgtgggtttgtttggtttagAGCTGTACATTCACCCGGTTACTGAGACTCAGCTTCGTGTTGATACATCAAGAGGAGAGAAGCTACGGATTAAT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G22200.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124706160|gb|EH797562.1|EH797562
EST:     CACCCTCGCCTCTTCTATTGTCATGCTAATTCTCTTCTTCTCCGAGCTTC                         AGCTGTACATTCACCCGGTTACTGAGACTCAGCTT
genomic: CACCCTCGCCTCTTCTATTGTCATGCTAATTCTCTTCTTCTCCGAGCTTCgtaagttcat ... tttggtttagAGCTGTACATTCACCCGGTTACTGAGACTCAGCTT
EST: gi|124930233|gb|EL007703.1|EL007703
EST:     CTTCTATTGTCATGCTAATTCTCTTCTTCTCCGAGCTTC                         AGCTGTACATTCACCCGGTTACTGAGACTCAGCTT
genomic: CTTCTATTGTCATGCTAATTCTCTTCTTCTCCGAGCTTCgtaagttcat ... tttggtttagAGCTGTACATTCACCCGGTTACTGAGACTCAGCTT
EST: gi|163991902|gb|ES092563.1|ES092563
EST:     CACCCTCGCCTCTTCTATTGTCATGCTAATTCTCTTCTTCTCCGAGCTTC                         AGCTGTACATTCACCCGGTTACTGAGACTCAGCTTCGTGTTGATAC
genomic: CACCCTCGCCTCTTCTATTGTCATGCTAATTCTCTTCTTCTCCGAGCTTCgtaagttcat ... tttggtttagAGCTGTACATTCACCCGGTTACTGAGACTCAGCTTCGTGTTGATAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttgattttgattgtgtttttgttttgttttatttgtgggtttgtttggtttagAGCTGTACATTCACCCGGTTACTGAGACTCAGCTTCGTGTTGATACATCAAGAGGAGAGAAGCTACGGATTAAT
      ttttgat  putative branch site (score: 4)
                                         tttgttt  putative PPT
               tgtttttgttttgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagttcatttgatctcccctgttttggttttggatccaatttgattctaggaagcttaaaggttgatactttgtagaattagagctccaaagttttgatttttctttgtgggttttgattttgattgtgtttttgttttgttttatttgtgggtttgtttggtttagAGCTGTACATTCACCCGGTTACTGAGACTCAGCTTCGTGTTGATACATCAAGAGGAGAGAAGCTACGGATTAAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC