1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gttcgatttttattctgaaatctgcttagtccaaaattttgaagggtagttagagaatcaatggaagctttagactttagtgctctgaataatgtttgattggctataatagGTGAAGAGAATGGTGGTTAGTACATATCAAGCAGCTAGTGGTGCTGGTGCTGCAGCTATGGAAGAGCTTGTTCAGCAGACTCGTGAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G14810.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCACCATTATCTGTTTGATGGCTGTTACGCCTCTTCATCATCACGCAAAG GTGAAGAGAATGGTGGTTAGTACATATCAAGCAGCTAGTGGTGCTGGTGCTEST: gi|116396484|gb|EG439076.1|EG439076
genomic: CCACCATTATCTGTTTGATGGCTGTTACGCCTCTTCATCATCACGCAAAGgttcgatttt ... gctataatagGTGAAGAGAATGGTGGTTAGTACATATCAAGCAGCTAGTGGTGCTGGTGCT
EST: CCACCATTATCTGTTTGATGGCTGTTACGCCTCTTCATCATCACGCAAAG GTGAAGAGAATGGTGGTTAGTACATATCAAGCAGCTAGTGGTGCTGGTGCTEST: gi|124939818|gb|EL016328.1|EL016328
genomic: CCACCATTATCTGTTTGATGGCTGTTACGCCTCTTCATCATCACGCAAAGgttcgatttt ... gctataatagGTGAAGAGAATGGTGGTTAGTACATATCAAGCAGCTAGTGGTGCTGGTGCT
EST: CCACCATTATCTGTTTGATGGCTGTTACGCCTCTTCATCATCACGCAAAG GTGAAGAGAAT
genomic: CCACCATTATCTGTTTGATGGCTGTTACGCCTCTTCATCATCACGCAAAGgttcgatttt ... gctataatagGTGAAGAGAAT
tcaatggaagctttagactttagtgctctgaataatgtttgattggctataatagGTGAAGAGAATGGTGGTTAGTACATATCAAGCAGCTAGTGGTGCTGGTGCTGCAGCTATGGAAGAGCTTGTTCAGCAGACTCGTGAG
gtttgat putative branch site (score: 5)
aataatgtttgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttcgatttttattctgaaatctgcttagtccaaaattttgaagggtagttagagaatcaatggaagctttagactttagtgctctgaataatgtttgattggctataatagGTGAAGAGAATGGTGGTTAGTACATATCAAGCAGCTAGTGGTGCTGGTGCTGCAGCTATGGAAGAGCTTGTTCAGCAGACTCGTGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT