Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgagtttaaagtttgtaactttatcgtcttttgtattgatggtgtctatgtatgcattgtgttttattctgactttgtgtacatttgtgtttgattgaagGTAGGGAGTGATTTGAGTTTTGGTGAGGATGTCTATGGTTGATGAGCCTTTATACCCGATTGCTGTGCTTATCGACGAGCTAAAAAACGATGATATTCAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G13320.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116468454|gb|EG511046.1|EG511046
EST:     GATTGATAGATCGCTCGGAACTTGGAAAGCAGCGTAATCG                         GTAGGGAGTGATTTGAGTTTTGGTGAGGATGTCTATGGTTGATGAGCCTTT
genomic: GATTGATAGATCGCTCGGAACTTGGAAAGCAGCGTAATCGgtaaattctc ... ttgattgaagGTAGGGAGTGATTTGAGTTTTGGTGAGGATGTCTATGGTTGATGAGCCTTT
EST: gi|301501487|gb|HO207027.1|HO207027
EST:     GATCGCTCGGAACTTGGAAAGCAGCGTAATCG                         GTAGGGAGTGATTTGAGTTTTGGTGAGGATGTCTATGGTTGATGAGCCTTT
genomic: GATCGCTCGGAACTTGGAAAGCAGCGTAATCGgtaaattctc ... ttgattgaagGTAGGGAGTGATTTGAGTTTTGGTGAGGATGTCTATGGTTGATGAGCCTTT
EST: gi|116468455|gb|EG511047.1|EG511047
EST:     GATTGATAGATCGCTCGGAACTTGGAAAGCAGCGTAATCG                         GTAGGGAGTGATTTGAGTTTTGGTGAGGATGTCTATGGTTGATGAGCCTTT
genomic: GATTGATAGATCGCTCGGAACTTGGAAAGCAGCGTAATCGgtaaattctc ... ttgattgaagGTAGGGAGTGATTTGAGTTTTGGTGAGGATGTCTATGGTTGATGAGCCTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctatgtatgcattgtgttttattctgactttgtgtacatttgtgtttgattgaagGTAGGGAGTGATTTGAGTTTTGGTGAGGATGTCTATGGTTGATGAGCCTTTATACCCGATTGCTGTGCTTATCGACGAGCTAAAAAACGATGATATTCAG
              tgttttatt  TA-rich tract