1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...cgattatgtcacagtaatttggacactacaattgcagtagaaggcgaaaactttgttcttcaagccacttctgacttcagtttttgaccgttttgtgcagCGATGAATTTAATGAAGTTCTGGCTGTTTGTCTGGATGCTATATTGGATGGAGTCATGGAGGAGCTTTATACCATTTACAGAGGATCTCCGGATAATAGC
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S9_63V6.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGACGTGCTTTGCC-AGCTCATGAATGAAACTAGGGCAGTTGTGTCGAG CGATGAATTTAATGAAAGT-CTGGCTNGTT-GTCTGGATGCTATEST: gi|37827161|gb|BJ585173.1|BJ585173
genomic: ATGACGTGCTT-GCCCAGCTCATGAATGAAACTAGGGCAGTTGTGTCGAGgtaatgactc ... ttttgtgcagCGATGAATTTAATGAA-GTTCTGGCT-GTTTGTCTGGATGCTAT
EST: GATGACGTGCTTGCCCAGCTCATGAATGAAACTAGGGCAGTTGTGTCGAG CGATGAATTTAATGAAGTTCTGGCTGTTTGTCTGGATGCTATATTGGATGG
genomic: GATGACGTGCTTGCCCAGCTCATGAATGAAACTAGGGCAGTTGTGTCGAGgtaatgactc ... ttttgtgcagCGATGAATTTAATGAAGTTCTGGCTGTTTGTCTGGATGCTATATTGGATGG
gaaaactttgttcttcaagccacttctgacttcagtttttgaccgttttgtgcagCGATGAATTTAATGAAGTTCTGGCTGTTTGTCTGGATGCTATATTGGATGGAGTCATGGAGGAGCTTTATACCATTTACAGAGGATCTCCGGATAATAGC
ccgtttt CT-rich tract
agttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cgattatgtcacagtaatttggacactacaattgcagtagaaggcgaaaactttgttcttcaagccacttctgacttcagtttttgaccgttttgtgcagCGATGAATTTAATGAAGTTCTGGCTGTTTGTCTGGATGCTATATTGGATGGAGTCATGGAGGAGCTTTATACCATTTACAGAGGATCTCCGGATAATAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT