1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
AGTGCGCATGCTATACTCTGGGTTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAGgtgagctttacttgcactgtggaccaaatagattcacaaagtttcttcgtagaacgttgattttcggacgataatgctctaccttttgtctttgtgagct...
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S9_39V6.3 |
intron # | 12 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAG GCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCAEST: gi|162174742|gb|FC352158.1|FC352158
genomic: TTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAGgtgagcttta ... tatgtcgcagGCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCA
EST: TTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAG GCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCATCCAGATGATATGGGAGATCTTEST: gi|162279498|gb|FC455302.1|FC455302
genomic: TTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAGgtgagcttta ... tatgtcgcagGCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCATCCAGATGATATGGGAGATCTT
EST: TTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAG GCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCATCCAGATGATATGGGAGATCTTEST: gi|162149973|gb|FC326504.1|FC326504
genomic: TTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAGgtgagcttta ... tatgtcgcagGCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCATCCAGATGATATGGGAGATCTT
EST: TTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAG GCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCATCCAGATGATATGGGAGATCTTEST: gi|162155167|gb|FC331676.1|FC331676
genomic: TTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAGgtgagcttta ... tatgtcgcagGCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCATCCAGATGATATGGGAGATCTT
EST: TTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAG GCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCATCCAGATGATATGGGAGATCTTEST: gi|162279497|gb|FC455301.1|FC455301
genomic: TTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAGgtgagcttta ... tatgtcgcagGCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCATCCAGATGATATGGGAGATCTT
EST: TTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAG GCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCATCCAGATGATATGGGAGATCTTEST: gi|18333498|gb|BJ165513.1|BJ165513
genomic: TTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAGgtgagcttta ... tatgtcgcagGCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCATCCAGATGATATGGGAGATCTT
EST: TTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAG GCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCATCCAGATGATATGGGAGATCTTEST: gi|162195353|gb|FC369821.1|FC369821
genomic: TTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAGgtgagcttta ... tatgtcgcagGCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCATCCAGATGATATGGGAGATCTT
EST: TTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAG GCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCATCCAGATGATATGGGAGATCTTEST: gi|162226282|gb|FC402990.1|FC402990
genomic: TTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAGgtgagcttta ... tatgtcgcagGCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCATCCAGATGATATGGGAGATCTT
EST: TTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAG GCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCATCCAGATGATATGGGAGATCTTEST: gi|162175865|gb|FC351543.1|FC351543
genomic: TTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAGgtgagcttta ... tatgtcgcagGCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCATCCAGATGATATGGGAGATCTT
EST: TTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAG GCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCATCCAGATGATATGGGAGATCTTEST: gi|162185587|gb|FC362013.1|FC362013
genomic: TTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAGgtgagcttta ... tatgtcgcagGCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCATCCAGATGATATGGGAGATCTT
EST: TTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAG GCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCATCCAGATGATATGGGAGATCTT
genomic: TTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAGgtgagcttta ... tatgtcgcagGCGCTCCACCATCCCTTTACCGCTCCTCATCCAGATGATATGGGAGATCTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGTGCGCATGCTATACTCTGGGTTACGGATTTTCCCATGTTTGAATGGAATGAAGATGAACAAAGGCTTGAGgtgagctttacttgcactgtggaccaaatagattcacaaagtttcttcgtagaacgttgattttcggacgataatgctctaccttttgtctttgtgagct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG