1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
gtatgattaggttgtgttaagtctttctccgaatttttcaggtctacattgttacagtggtaatgcagagactgcattaattttgggagttttgatctgactgcatagatcttgtacggaatcgttttgagctatattaggctcttgtacacgaacctgatggatgatataatcgcagGTATCGACACCTTGATTTAAGGAGGGCTCAAATGAACACTAATTTGCGAATACGTCACAACATTATCAAGCTCATGCGCAGGCACTTGGAAGATGTTCAC
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S9_39V6.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACACTTGCTGACGACAATAAAGAAATGCCTTCTGAAGAAGTTCGTCTTAG GTATCGACACCTTGATTTAAGGAGGGCTCAAATGAACACTAATTTGCGAATEST: gi|162149974|gb|FC326505.1|FC326505
genomic: ACACTTGCTGACGACAATAAAGAAATGCCTTCTGAAGAAGTTCGTCTTAGgtatgattag ... ataatcgcagGTATCGACACCTTGATTTAAGGAGGGCTCAAATGAACACTAATTTGCGAAT
EST: ACACTTGCTGACGACAATAAAGAAATGCCTTCTGAAGAAGTTCGTCTTAG GTATCGACACCTTGATTTAAGGAGGGCTCAAATGAACACTAATTTGCGAATEST: gi|162175866|gb|FC351544.1|FC351544
genomic: ACACTTGCTGACGACAATAAAGAAATGCCTTCTGAAGAAGTTCGTCTTAGgtatgattag ... ataatcgcagGTATCGACACCTTGATTTAAGGAGGGCTCAAATGAACACTAATTTGCGAAT
EST: ACACTTGCTGACGACAATAAAGAAATGCCTTCTGAAGAAGTTCGTCTTAG GTATCGACACCTTGATTTAAGGAGGGCTCAAATGAACACTAATTTGCGAATEST: gi|162195380|gb|FC369822.1|FC369822
genomic: ACACTTGCTGACGACAATAAAGAAATGCCTTCTGAAGAAGTTCGTCTTAGgtatgattag ... ataatcgcagGTATCGACACCTTGATTTAAGGAGGGCTCAAATGAACACTAATTTGCGAAT
EST: ACACTTGCTGACGACAATAAAGAAATGCCTTCTGAAGAAGTTCGTCTTAG GTATCGACACCTTGATTTAAGGAGGGCTCAAATGAACACTAATTTGCGAAT
genomic: ACACTTGCTGACGACAATAAAGAAATGCCTTCTGAAGAAGTTCGTCTTAGgtatgattag ... ataatcgcagGTATCGACACCTTGATTTAAGGAGGGCTCAAATGAACACTAATTTGCGAAT
gttttgagctatattaggctcttgtacacgaacctgatggatgatataatcgcagGTATCGACACCTTGATTTAAGGAGGGCTCAAATGAACACTAATTTGCGAATACGTCACAACATTATCAAGCTCATGCGCAGGCACTTGGAAGATGTTCAC
acctgat putative branch site (score: 4)
atgatataat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgattaggttgtgttaagtctttctccgaatttttcaggtctacattgttacagtggtaatgcagagactgcattaattttgggagttttgatctgactgcatagatcttgtacggaatcgttttgagctatattaggctcttgtacacgaacctgatggatgatataatcgcagGTATCGACACCTTGATTTAAGGAGGGCTCAAATGAACACTAATTTGCGAATACGTCACAACATTATCAAGCTCATGCGCAGGCACTTGGAAGATGTTCAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG