Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctggtggattggcatgattcccgaagtacttgaaaattctcgtttaattgaggattagtgtccaaagagcctcattattattgttattattgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCGCACCGTTAATTGCCAAAATGTTAGGTAAATTTGGAGGTGGAGCTGCAAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S9_386V6.2
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S9_386V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 10
lower sequence: AT4G22670.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
ctggtggattggcatgattcccgaagtacttgaaaattctcgtttaattgaggatt---agtgtccaaagagcctcattattattgttattattgttatg-cagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCGCACCGTTAATTGCCAAAATGTTAGGTAAATTTGGAGGTGGAGCTGCAAG-
           | |||||    ||   | || ||| ||   ||||| |   |  ||   | | |     ||| ||    | | ||||| | | || |||  ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||  | ||||| || ||| | || ||||||| |||     | | ||  
-----------gtatgat----gactcagtttaaagttgcagtttattaatgttttttgaatatttttcgagtcttg--aatgttgtt-tgaatgctataacagTGATGAAGAACCCTGCGAATCTAGCGAAGCATCAGGCGAATCCGAAGGTGGCTCCCGTGATTGCAAAGATGATGGGCAAATTTGCAGG-ACCTCAGTAAAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67726410|gb|BJ976669.1|BJ976669
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|208390138|gb|DC949448.1|DC949448
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|208348679|gb|DC926354.1|DC926354
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|208369414|gb|DC948180.1|DC948180
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|67727457|gb|BJ977716.1|BJ977716
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|37853178|gb|BJ611186.1|BJ611186
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|67724605|gb|BJ974864.1|BJ974864
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAAGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|67726167|gb|BJ976426.1|BJ976426
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|162275961|gb|FC452029.1|FC452029
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|67712898|gb|BJ966347.1|BJ966347
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAAGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|37827224|gb|BJ585236.1|BJ585236
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|22131921|gb|BQ826881.1|BQ826881
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|162261283|gb|FC437300.1|FC437300
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|37834841|gb|BJ592853.1|BJ592853
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGTATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|208364064|gb|DC950384.1|DC950384
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAACCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|162164760|gb|FC340482.1|FC340482
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|162168429|gb|FC344106.1|FC344106
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|162275168|gb|FC451755.1|FC451755
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|162249193|gb|FC421536.1|FC421536
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|67727845|gb|BJ978104.1|BJ978104
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|208395724|gb|DC924218.1|DC924218
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|208371038|gb|DC955914.1|DC955914
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGTTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|37840179|gb|BJ598187.1|BJ598187
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|37837481|gb|BJ595489.1|BJ595489
EST:     ACTTATGGNTGCATTTTNTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|162150302|gb|FC326387.1|FC326387
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGACAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|162163556|gb|FC339466.1|FC339466
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|67720699|gb|BJ970958.1|BJ970958
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|37834379|gb|BJ592391.1|BJ592391
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|208354412|gb|DC926603.1|DC926603
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|67720996|gb|BJ971255.1|BJ971255
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|15319994|gb|BI487356.1|BI487356
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|162275169|gb|FC451756.1|FC451756
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
EST: gi|162168430|gb|FC344107.1|FC344107
EST:     ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATG                         TGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG
genomic: ACTTATGGCTGCATTTTCTGATCCAGAAGTTATGGCAGCTCTTCAAGATGgtatgattac ... tgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aattgaggattagtgtccaaagagcctcattattattgttattattgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCGCACCGTTAATTGCCAAAATGTTAGGTAAATTTGGAGGTGGAGCTGCAAG
 gtttaat  putative branch site (score: 4)
                          tcattattattgttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctggtggattggcatgattcccgaagtacttgaaaattctcgtttaattgaggattagtgtccaaagagcctcattattattgttattattgttatgcagTGATGAAGAATCCTGCTAATCTAGCCAAGCATCAAGCGAATCCGAAGGTCGCACCGTTAATTGCCAAAATGTTAGGTAAATTTGGAGGTGGAGCTGCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC