Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agcagttaatttattacttataattgtttaccctcttcaaattatatcagcgctaagggaggtctctcatagtactaactaaaaatattgtgtcatgcagCATAGATGGCAGGTGGGAGTAATGACAGAGATGGCTCCAGTCGGCTATGTGGGCATTAGTCCGAAGTGCCTTCTCGGGTTTAACAAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S9_381V6.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162153922|gb|FC329429.1|FC329429
EST:     TTATGCACAAGCTCGCAAGTGACCCTGGCATAGTGGCTATTATGAATAAG                         CATAGATGGCAGGTGGGAGTAATGACAGAGATGGCTCCAGTCGGCTATGTG
genomic: TTATGCACAAGCTCGCAAGTGACCCTGGCATAGTGGCTATTATGAATAAGgtaaattata ... tgtcatgcagCATAGATGGCAGGTGGGAGTAATGACAGAGATGGCTCCAGTCGGCTATGTG
EST: gi|162156502|gb|FC332110.1|FC332110
EST:     TTATGCACAAGCTCGCAAGTGACCCTGGCATAGTGGCTATTATGAATAAG                         CATAGATGGCAGGTGGGAGTAATGACAGAGATGGCTCCAGTCGGCTATGTG
genomic: TTATGCACAAGCTCGCAAGTGACCCTGGCATAGTGGCTATTATGAATAAGgtaaattata ... tgtcatgcagCATAGATGGCAGGTGGGAGTAATGACAGAGATGGCTCCAGTCGGCTATGTG
EST: gi|162163549|gb|FC339459.1|FC339459
EST:     TTATGCACAAGCTCGCAAGTGACCCTGGCATAGTGGCTATTATGAATAAG                         CATAGATGGCAGGTGGGAGTAATGACAGAGATGGCTCCAGTCGGCTATGTG
genomic: TTATGCACAAGCTCGCAAGTGACCCTGGCATAGTGGCTATTATGAATAAGgtaaattata ... tgtcatgcagCATAGATGGCAGGTGGGAGTAATGACAGAGATGGCTCCAGTCGGCTATGTG
EST: gi|162167395|gb|FC343098.1|FC343098
EST:     TTATGCACAAGCTCGCAAGTGACCCTGGCATAGTGGCTATTATGAATAAG                         CATAGATGGCAGGTGGGAGTAATGACAGAGATGGCTCCAGTCGGCTATGTG
genomic: TTATGCACAAGCTCGCAAGTGACCCTGGCATAGTGGCTATTATGAATAAGgtaaattata ... tgtcatgcagCATAGATGGCAGGTGGGAGTAATGACAGAGATGGCTCCAGTCGGCTATGTG
EST: gi|162244461|gb|FC422634.1|FC422634
EST:     TTATGCACAAGCTCGCAAGTGACCCTGGCATAGTGGCTATTATGAATAAG                         CATAGATGGCAGGTGGGAGTAATGACAGAGATGGCTCCAGTCGGCTATGTG
genomic: TTATGCACAAGCTCGCAAGTGACCCTGGCATAGTGGCTATTATGAATAAGgtaaattata ... tgtcatgcagCATAGATGGCAGGTGGGAGTAATGACAGAGATGGCTCCAGTCGGCTATGTG
EST: gi|162257437|gb|FC433311.1|FC433311
EST:     TTATGCACAAGCTCGCAAGTGACCCTGGCATAGTGGCTATTATGAATAAG                         CATAGATGGCAGGTGGGAGTAATGACAGAGATGGCTCCAGTCGGCTATGTG
genomic: TTATGCACAAGCTCGCAAGTGACCCTGGCATAGTGGCTATTATGAATAAGgtaaattata ... tgtcatgcagCATAGATGGCAGGTGGGAGTAATGACAGAGATGGCTCCAGTCGGCTATGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcagcgctaagggaggtctctcatagtactaactaaaaatattgtgtcatgcagCATAGATGGCAGGTGGGAGTAATGACAGAGATGGCTCCAGTCGGCTATGTGGGCATTAGTCCGAAGTGCCTTCTCGGGTTTAACAAG
                       atagtactaactaaaa  TA-rich tract