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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...catttcatgtctaactagatagcaactctttctttgtgggctcttcgaatatcgttggaatttatacgagactaactcatcatggattgctgtgtaacagGGTCGATGTCGGTTTTAGTCAGTTGTTAGTGGTTGGACTGGGTGAGGCAGCCGCTAAATATTTGTGGAAGTGACGGATTTTTCATTGTTGACGAACGAAT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S45_69V6.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


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EST: gi|208390589|gb|DC937521.1|DC937521
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EST: gi|208389817|gb|DC938351.1|DC938351
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genomic: CGAGTCTTCATGCTCACTCCGTCGACTCTCACCATCGCTGCTTCTTCTCCgtaagtgtgt ... tgtgtaacagGGTCGATGTCGGTTTTAGTCAGTTGTTAGTGGTTGGACTGGGTGAGGCAGC
EST: gi|208393260|gb|DC942428.1|DC942428
EST:     ATGCTCACTCCGTCGACTCTCACCATCGCTGCTTCTTCTCC                         GGTCGATGTCGGTTTTAGTCAGTTGTTAGTGGTTGGACTGGGTGAGGCAGC
genomic: ATGCTCACTCCGTCGACTCTCACCATCGCTGCTTCTTCTCCgtaagtgtgt ... tgtgtaacagGGTCGATGTCGGTTTTAGTCAGTTGTTAGTGGTTGGACTGGGTGAGGCAGC
EST: gi|208363603|gb|DC939780.1|DC939780
EST:     CGAGTCTTCATGCTCACTCCGTCGACTCTCACCATCGCTGCTTCTTCTCC                         GGTCGATGTCGGTTTTAGTCAGTTGTTAGTGGTTGGACTGGGTGAGGCAGC
genomic: CGAGTCTTCATGCTCACTCCGTCGACTCTCACCATCGCTGCTTCTTCTCCgtaagtgtgt ... tgtgtaacagGGTCGATGTCGGTTTTAGTCAGTTGTTAGTGGTTGGACTGGGTGAGGCAGC
EST: gi|208373745|gb|DC936558.1|DC936558
EST:     ATGCTCACTCCGTCGACTCTCACCATCGCTGCTTCTTCTCC                         GGTCGATGTCGGTTTTAGTCAGTTGTTAGTGGTTGGACTGGGTGAGGCAGC
genomic: ATGCTCACTCCGTCGACTCTCACCATCGCTGCTTCTTCTCCgtaagtgtgt ... tgtgtaacagGGTCGATGTCGGTTTTAGTCAGTTGTTAGTGGTTGGACTGGGTGAGGCAGC
EST: gi|208386899|gb|DC941589.1|DC941589
EST:     ATGCTCACTCCGTCGACTCTCACCATCGCTGCTTCTTCTCC                         GGTCGATGTCGGTTTTAGTCAGTTGTTAGTGGTTGGACTGGGTGAGGCAGC
genomic: ATGCTCACTCCGTCGACTCTCACCATCGCTGCTTCTTCTCCgtaagtgtgt ... tgtgtaacagGGTCGATGTCGGTTTTAGTCAGTTGTTAGTGGTTGGACTGGGTGAGGCAGC
EST: gi|208384658|gb|DC907117.1|DC907117
EST:     CGAGTCTTCATGCTCACTCCGTCGACTCTCACCATCGCTGCTTCTTCTCC                         GGTCGATGTCGGTTTTAGTCAGTTGTTAGTGGTTGGACTGGGTGAGGCAGC
genomic: CGAGTCTTCATGCTCACTCCGTCGACTCTCACCATCGCTGCTTCTTCTCCgtaagtgtgt ... tgtgtaacagGGTCGATGTCGGTTTTAGTCAGTTGTTAGTGGTTGGACTGGGTGAGGCAGC
EST: gi|208354624|gb|DC934296.1|DC934296
EST:     CGAGTCTTCATGCTCACTCCGTCGACTCTCACCATCGCTGCTTCTTCTCC                         GGTCGATGTCGGTTTTAGTCAGTTGTTAGTGGTTGGACTGGGTGAGGCAGC
genomic: CGAGTCTTCATGCTCACTCCGTCGACTCTCACCATCGCTGCTTCTTCTCCgtaagtgtgt ... tgtgtaacagGGTCGATGTCGGTTTTAGTCAGTTGTTAGTGGTTGGACTGGGTGAGGCAGC
EST: gi|208372310|gb|DC936454.1|DC936454
EST:     CGAGTCTTCATGCTCACTCCGTCGACTCTCACCATCGCTGCTTCTTCTCC                         GGTCGATGTCGGTTTTAGTCAGTTGTTAGTGGTTGGACTGGGTGAGGCAGC
genomic: CGAGTCTTCATGCTCACTCCGTCGACTCTCACCATCGCTGCTTCTTCTCCgtaagtgtgt ... tgtgtaacagGGTCGATGTCGGTTTTAGTCAGTTGTTAGTGGTTGGACTGGGTGAGGCAGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cgaatatcgttggaatttatacgagactaactcatcatggattgctgtgtaacagGGTCGATGTCGGTTTTAGTCAGTTGTTAGTGGTTGGACTGGGTGAGGCAGCCGCTAAATATTTGTGGAAGTGACGGATTTTTCATTGTTGACGAACGAAT
                        gactaac  putative branch site (score: 1)
             aatttata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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