Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agggtcgtgatcactttgttatatattgcataagctctgcaagcatttattcaatgcccctcgaaagtctttgctaaactcctgacgtttatttttgcagCACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTGGAATTAAGGTTAAAGGACAGATACAGTAGCACTTAAATAGATATTTCGT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S45_62V6.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208393703|gb|DC946053.1|DC946053
EST:     GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAG                         CACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
genomic: GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAGgtatgtgatt ... atttttgcagCACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
EST: gi|67692331|gb|BJ952564.1|BJ952564
EST:     GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAG                         CACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
genomic: GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAGgtatgtgatt ... atttttgcagCACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
EST: gi|208366599|gb|DC954879.1|DC954879
EST:     GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAG                         CACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
genomic: GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAGgtatgtgatt ... atttttgcagCACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
EST: gi|7047215|gb|AW477109.1|AW477109
EST:     GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAG                         CACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
genomic: GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAGgtatgtgatt ... atttttgcagCACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
EST: gi|18333853|gb|BJ165869.1|BJ165869
EST:     GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAG                         CACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
genomic: GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAGgtatgtgatt ... atttttgcagCACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
EST: gi|67692450|gb|BJ952683.1|BJ952683
EST:     GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAG                         CACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
genomic: GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAGgtatgtgatt ... atttttgcagCACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
EST: gi|37836220|gb|BJ594228.1|BJ594228
EST:     GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAG                         CACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
genomic: GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAGgtatgtgatt ... atttttgcagCACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
EST: gi|7286349|gb|AW598890.1|AW598890
EST:     GTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAG                         CACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
genomic: GTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAGgtatgtgatt ... atttttgcagCACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
EST: gi|208353220|gb|DC921880.1|DC921880
EST:     GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAG                         CACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
genomic: GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAGgtatgtgatt ... atttttgcagCACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
EST: gi|67695352|gb|BJ955585.1|BJ955585
EST:     GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAG                         CACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
genomic: GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAGgtatgtgatt ... atttttgcagCACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
EST: gi|162210193|gb|FC386704.1|FC386704
EST:     GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAG                         CACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG
genomic: GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAGgtatgtgatt ... atttttgcagCACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seq library.


Block sizes: 32 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 14

GCTGAGGTTACTGGTGAAGTCGAGAAAGTTCTGTGGGAAGATGGAGgtatgtgatt ... atttttgcagCACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTGGAATTAAGGTTAAAGGACAGATACAGTAGCACTTAAATAGATATTTCGT































 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttattcaatgcccctcgaaagtctttgctaaactcctgacgtttatttttgcagCACCTGTTGGTTATGGAGATCCTTTAATTGCTATCAGGCCATCCTTTCCTGGAATTAAGGTTAAAGGACAGATACAGTAGCACTTAAATAGATATTTCGT
                                  tcctgac  putative branch site (score: 14)
                                          tttattttt  CT-rich tract
                                          tttattttt  TA-rich tract