Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGTGATCACGTCACTGGAACCAACACCTCGGAAGAGCCACGTCCGTTTAGACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAGgtatattcttctgcaggaagcagggttcgaaagctattttgtaagggcttttcatttctattgtcggttatttgcagttgaatttcattcaaaagccgtt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G073415_T03
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211010115|gb|FL453008.1|FL453008
EST:     GACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAG                         GATGGATTGTTTAATTAATGGATTCAAAGCTGGGGCATGGAGCATGAAGCA
genomic: GACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAGgtatattctt ... tgcactgcagGATGGATTGTTTAATTAATGGATTCAAAGCTGGGGCATGGAGCATGAAGCA
EST: gi|211501359|gb|FL476258.1|FL476258
EST:     CGATGGGTGTTTCAG                         GATGGATTGTTTAATTAATGGATTCAAAGCTGGGGCATGGAGCATGAARCA
genomic: CGATGGGTGTTTCAGgtatattctt ... tgcactgcagGATGGATTGTTTAATTAATGGATTCAAAGCTGGGGCATGGAGCATGAAGCA
EST: gi|149096886|gb|EE182683.2|EE182683
EST:     AAGAGCCACGTCCGTTTAGACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAG        
genomic: GACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAGgtatattctt ... tgcactgcagG
EST: gi|94473616|gb|EB702574.1|EB702574
EST:     GACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAG                         GATGGATTGTTTAATTAATGGATTCAAAGCTGGGGCATGGAGCATGAAGCA
genomic: GACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAGgtatattctt ... tgcactgcagGATGGATTGTTTAATTAATGGATTCAAAGCTGGGGCATGGAGCATGAAGCA
EST: gi|67012407|gb|CO441156.1|CO441156
EST:     AAGAGCCACGTCCGTTTAGACAGAGTGAGGACTGTATGANGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAG        
genomic: GACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAGgtatattctt ... tgcactgcagG
EST: gi|60341304|gb|DN208277.1|DN208277
EST:     AAGAGCCACGTCCGTTTAGACAGAGTGAGGACTGTATGAAGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAG        
genomic: GACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAGgtatattctt ... tgcactgcagG
EST: gi|76291080|gb|DV030648.1|DV030648
EST:     AAGAGCCACGTCCGTTTAGACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAG        
genomic: GACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAGgtatattctt ... tgcactgcagG
EST: gi|149104749|gb|EE290203.2|EE290203
EST:     AAGAGCCACGTCCGTTTAGACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAG        
genomic: GACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAGgtatattctt ... tgcactgcagG
EST: gi|60347004|gb|DN213977.1|DN213977
EST:     AAGAGCCACGTCCGTTTAGACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAG        
genomic: GACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAGgtatattctt ... tgcactgcagG
EST: gi|1072295|gb|H89383.1|H89383
EST:     GACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAG                         GATGGATTGTTTAATTAATGGATTCAAAGCTGGGGCATGGAGCATGAA-CG
genomic: GACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAGgtatattctt ... tgcactgcagGATGGATTGTTTAATTAATGGATTCAAAGCTGGGGCATGGAGCATGAAGC-
EST: gi|78121574|gb|DV539958.1|DV539958
EST:     GACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAG                         GATGGATTGTTTAATTAATGGATTCAAAGCTGGGGCATGGAGCATGAAGCA
genomic: GACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAGgtatattctt ... tgcactgcagGATGGATTGTTTAATTAATGGATTCAAAGCTGGGGCATGGAGCATGAAGCA
EST: gi|88746383|gb|DY530524.1|DY530524
EST:     GACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAG                         GATGGATTGTTTAATTAATGGATTCAAAGCTGGGGCATGGAGCATGAAGCA
genomic: GACAGAGTGAGGACTGTATGAGGCATGAATGAAAGCGATGGGTGTTTCAGgtatattctt ... tgcactgcagGATGGATTGTTTAATTAATGGATTCAAAGCTGGGGCATGGAGCATGAAGCA