Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATATCTGGAGTGTGGGTTGCACCGTAATTGAATTGCTGACATGTGTCCCGCCATATTATGATCTCCAACCTATGCCTGCCCTGTTCCGTATTGTTCAGgttggttgcctacagctgttttaatctatgttcatcttgcaagtcactatttattctgctatgtgagtactatttattttgtatag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G017654_T02
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G017654_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os04g56530.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
TGATATCTGGAGTGTGGGTTGCACCGTAATTGAATTGCTGACATGTGTCCCGCCATATTATGATCTCCAACCTATGCCTGCCCTGTTCCGTATTGTTCAGgttggttgcctacagctgttttaatctatgttcatcttgcaagtcactatttattctgctatgtgagtactatttattttgtatag----------------------
 |||||||||||||| ||||| || || |||||  | || || |||| ||| ||||||||||| || || || |||||||| ||||| || ||||||||||||| || | | |||||||||   ||        | |   ||||||| || |    |   |  |||| |||||  |||   || |                       
AGATATCTGGAGTGTTGGTTGTACTGTTATTGAGCTACTCACCTGTGCCCCACCATATTATGACCTTCAGCCCATGCCTGCGCTGTTTCGCATTGTTCAGgttgattacttgcagctgtttacttcccctacattttcaaaagtcacaatatccattcacacatgag-actatg-attacatagaaagtttttatctatggacaatag

upper sequence: GRMZM2G017654_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: PP1S131_142V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 8
TGATATCTGGAGTGTGGGTTGCACCGTAATTGAATTGCTGACATGTGTCCCGCCATATTATGATCTCCAACCTATGCCTGCCCTGTTCCGTATTGTTCAGgt-tggttgcctacagctgttttaatctatgttcatcttgcaagtcactat--ttattctgctatgtgagtactatttattttgtatag------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
 ||||||||||||||||| ||||| || |||||  |||||||||| ||||| ||||| || ||  | ||||| ||||| || || || || ||||| ||||| |  |||    ||  |||  |  | |||||     |   ||| ||  ||  |   | |  | ||| |||  | |||  ||| | | |                                                                                                                  
GGATATCTGGAGTGTGGGCTGCACAGTGATTGAGCTGCTGACATGCGTCCCACCATACTACGAATTGCAACCCATGCCAGCTCTCTTTCGCATTGTACAGgtattattgaaggcaaatgtcgt--tgtatgtagtgttgagaagccagcatggtctgtgtattctgtaagtgttgtttggttt-tttggtattttggtattaatggctattttaaggttaatatgattattattattagctttgtcagactcttttttctatatatgtgtaatgatgtactaaaggtgcttgtgtgttcgtag