Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGgtatgttctgctgggacttctcagtttgttcttgtgttttatgtgtaaaccaaagaagcacaatgacatcatcatgcaccttcacccattatgaactgag...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G101217_T03
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76924073|gb|DV169790.1|DV169790
EST:     GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG                         GTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT
genomic: GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGgtatgttctg ... ggaatatcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT
EST: gi|50325602|gb|CO520728.1|CO520728
EST:     GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG                         GTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT
genomic: GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGgtatgttctg ... ggaatatcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT
EST: gi|93012540|gb|EB638060.1|EB638060
EST:     GCCGCACGGATCCTCATCCCATGTTGGGGTGCTTATGCTTGAG                         GTACTTGACAATCTAACACATGACCTTGTCT
genomic: GCCGCACGGATCCTCATCC-ATGTTGGG-TGCTTATGCTTGAGgtatgttctg ... ggaatatcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCT
EST: gi|101391071|gb|EB817469.1|EB817469
EST:     GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG                         GTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAAATCAGGTCTCT
genomic: GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGgtatgttctg ... ggaatatcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT
EST: gi|76281532|gb|DV021100.1|DV021100
EST:     GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG                         GTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT
genomic: GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGgtatgttctg ... ggaatatcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT
EST: gi|71418854|gb|DR804568.1|DR804568
EST:     GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG                         GTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT
genomic: GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGgtatgttctg ... ggaatatcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT
EST: gi|50337135|gb|CO532261.1|CO532261
EST:     GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG                         GTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATT
genomic: GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGgtatgttctg ... ggaatatcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATT
EST: gi|71327533|gb|DR800378.1|DR800378
EST:     GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG                         GTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT
genomic: GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGgtatgttctg ... ggaatatcagGTACTTGACAATCTACCACATGACCTTGTCTATTCACCAGATCAGGTCTCT