Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATATGTTGCCCTAAACATGCTTATGAAGGCCATTGCCGTGGACACACAAGCGGTGCAGAGGCACAGGGCAACAATTTTAGAGTGCGTCAAGgtaaccaaatttaccagactaatgtgatacatctatcccttttgtccctttcttctgtgaaataaagatgctcatcagtcatcttgtaccacttcggaac...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G017421_T01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G017421_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os06g07090.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
ATATGTTGCCCTAAACATGCTTATGAAGGCCATTGCCGTGGACACACAAGCGGTGCAGAGGCACAGGGCAACAATTTTAGAGTGCGTCAAGgtaaccaaatttaccagactaatgtgatacatctatcccttttgtccctttcttctgtgaaataaagatgctcatcagtcatcttgtaccacttcggaac--------------
||||||||| || |||||||||||||||||||| |  || ||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||    |||  ||||  |||||||      || |   |||  || | ||| |||  | ||  || ||  |  |||   ||   |||  | |  |  ||              
ATATGTTGCTCTGAACATGCTTATGAAGGCCATGGAGGTAGACACGCAAGCAGTGCAGAGGCATAGAGCAACAATATTAGAGTGTGTCAAGgtaa----attctccag-ttaatgtg------ctctggatttattctcattcctctagggaagtaaaataatgctcatgtat---gtaaaattctgagacacacctatggtagc