Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCTATGATTCCACCATATGGAGCACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaacacgtggctttaattttcactatgtacttgtcaaatggcaatgctgaccttggttgtcattatattgtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G074373_T02
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G074373_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os12g13170.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
CCTATGATTCCACCATATGGAGC------ACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaacacgtggctttaattttcactatgtacttgtcaaatggcaatgctgaccttggttgtcattatattgtgcag-----------------------
|||||||| |||||||||||| |      ||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||| |  |||||||||| |||  | ||| ||||||  | ||| | ||||||       |   |     ||||| |||   | ||  |   |                       
CCTATGATACCACCATATGGAACCCCACCACCACCATATGTCATGTATCCTCCAGGAGTATATGCTCACCCATCTATGCCTCCGgtatgttccacagattgctgtaattt--attatattcttgtctgtaaaaagcacaa---ttggtagtctcaaaataatattgctacctccgtcccaaaatataaa
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78090597|gb|DV518971.1|DV518971
EST:     CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
genomic: CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
EST: gi|211035651|gb|FK982762.1|FK982762
EST:     CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGG
genomic: CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGG
EST: gi|93013445|gb|EB638965.1|EB638965
EST:     CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
genomic: CATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT