Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGAAGGAGAAGGTGGTGAAATTGTGTTTGGTGGAATGGATTCTAGCCACTACAAGGGTGATCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAGgttggtttttgtttcttgtattctctaataactttgtttttcgaatgtatatatcagtttaaagtgtacaatttgttgatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G065757_T02
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G065757_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TGAAGGAGAAGGTGGTGAAATTGTGTTTGGTGGAATGGATTCTAGCCACTACAAGGGTGATCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAGgttggtttt-tgtttcttgtattctctaataactttgtttttcgaatgtatatatcagtttaaagtgtacaatttgttgatgcag
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  | || || | ||| |||||| ||| ||||||||| ||||||||||||  | | | |  |   |||| || |   || |   || ||    || | |   || |   ||| ||              
TGAAGGAGAAGGTGGTGAAATTGTGTTTGGAGGAATGGATCCTAGCCACTACAAGGGCAACCATACATATGTTCCAGTCTCTCAGAAGGGATATTGGCAGgttggtcctgtttctgctaagttctgtagtgttttcgacatttgatgtaatgtttgcattgactttgtgcag-------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213184093|gb|FM191578.1|FM191578
EST:     TCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAG                         TTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
genomic: TCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAGgttggttttt ... gttgatgcagTTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
EST: gi|67017226|gb|CO445975.1|CO445975
EST:     ACAAGGGTGATCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAG                         TTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
genomic: ACAAGGGTGATCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAGgttggttttt ... gttgatgcagTTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
EST: gi|31354952|gb|CD439309.1|CD439309
EST:     CAAGGGTGATCACTTC-TTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAG                         TTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
genomic: CAAGGGTGATCACA-CGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAGgttggttttt ... gttgatgcagTTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
EST: gi|32823224|gb|CD962946.1|CD962946
EST:     ACAAGGGTGATCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAG                         TTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
genomic: ACAAGGGTGATCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAGgttggttttt ... gttgatgcagTTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
EST: gi|33097906|gb|CF057866.1|CF057866
EST:     ACAAGGGTGATCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAG                         TTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
genomic: ACAAGGGTGATCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAGgttggttttt ... gttgatgcagTTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
EST: gi|211224724|gb|FL222442.1|FL222442
EST:     ACAAGGGCGATCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAG                         TTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG
genomic: ACAAGGGTGATCACACGTTTGTCCCAGTCACTCGGAAGGGATACTGGCAGgttggttttt ... gttgatgcagTTCAACATGGGTGATGTCCTGGTTGATGGAAAGTCCACTG