Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaattattacttggtggatatattcaatatcgagctgcataaaccaaatgatagtcttaagttatttggtagatacatgcatgcttacttatctt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G866758_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os09g07830.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaat-tattacttggtggatatattcaatatcgagctgcataaaccaaatgatagtcttaagttatttggtagatacatgcatgcttacttatctt--
||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||  | ||  || |    || || |   ||  ||| ||| ||   || | | |     || ||| |||| | | |   | ||||      |  |   
TGTTTGCAGCACAGTCAATTCTATTGGGCATCAATGATATTGTTGTAGCCGGTGGCATGGAAAGCATGTCTAATGCTCCAAAATACATTGCTGAAGCTAGgtctgcaaagtgttcttttggttgtacatcctg-atacagc-gcacaataaaagt-acaacagaaatttaattggcaaacaatagtatgcgaggaaaagtgta

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA02G47860.2 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaattattacttggtggatatattcaatatcgagctgcataaaccaaatgatagtctt-aagttatttggtagatacatgcatgcttacttatctt
|| |||| ||||||   ||||||||  | || |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  || |||||| | |||||||| ||||   |||| ||| | |      | ||||||| |     || | ||     | |  | || || || | |  || |  |    |  | | | |        
TGCTTGCTGCACAGAGTATTCAATTAAGCATAAATGATGTTGTTGTGGCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgt---caat-attgcct------tttattcaacact---ctccttatgattagttcttgtgttgaaataaactgattcaatactaaaagttcag-------

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA07G39870.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaattattacttgg--tggatatattcaata-tcgagctgcataaaccaaatgatagtcttaagttatttggtagatacatgcatgcttacttatctt
|| |||||||||   | || ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||| |||| || || ||||  ||  || || | ||   ||   ||| | | || | | | |   |||   ||| ||| || ||  |  || ||  | |  |      |  || |      
TGCTTGCAGCACTCACCATACAATTTGGTCTCAATGATGTTGTTGTGGCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGCACCTAAGTACCTTGCAGAGGCCAGgttcgcttttctttcatgaattgttgatacttactacttgtgttttctaa--taaaagat-gttttttgaaatctgacaaaatctgctgcgggtagtagggag

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA14G00760.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
TGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaattattacttggtggatatattcaatatcgagctgcataaaccaaatgatagtctt-aagttatttggtagatacatgcatgcttacttatctt
|| |||| ||||||   |||||||| || |  |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  || |||||| | |||||||| ||||   |||| ||| | |      |  |||| | |     || | |||    | |  | || || || | |  || |  |    |  | | | |        
TGCTTGCTGCACAGAGTATTCAATTAGGCACAAATGATGTTGTTGTGGCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgt---caat-attgcct------ttaattcgacact---ctccttaagattagttcttgtgttgaaataaactgattcaatactaaaagttcag-------

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA17G00910.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaattattacttgg--tggatatattcaata-tcgagctgcataa-accaaatgatagtcttaagttatttggtagatacatgcatgcttacttatctt
|| |||||||||   | || ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || || |||| |||  || || | ||   ||   ||| | |||| | | |||     | |  | || |   | || |   || ||  | |  |         || |      
TGCTTGCAGCACTCACCATACAATTCGGTCTCAATGATGTTGTTGTGGCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCAAATGCACCTAAGTACATTGCGGAGGCCAGgtttgcttttctttcatgaattgttgatacttaatacttgggctttccgataaaagataacgttttttaa--atctgacaaaatctgctgcagatagtggga--

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT5G48230.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaattattacttggtggatatattcaatatcgagctgcataaaccaaatgatagtcttaagttatttggtagatacatgcatgcttacttatctt
|| |||| || ||    || || || || ||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | ||||| ||  | || ||||| |||||      | |   ||   |||   |||   | |     |  |        || || || |    ||||| || |  |  |||||              
TGATTGCTGCTCAAAGTATCCAGTTAGGGATCAATGATGTAGTTGTGGCGGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATACACCAAAATATTTGGCAGAAGCAAGgtaaaatgatgtggttttacggaatcatttggtctt----tttactctatgcatcattgtttc---ttattcgg-attttgatgcag-------------

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT5G47720.4 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatta-ttacttggtggatatattcaatatcgagctgcataaac-caaatgatagtc--ttaagttatttggtagatacatgcatgcttacttatctt-----
|| | ||  | ||    || ||  | ||  | |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || |  || |||||| |  | || || ||||      | | || | |     | |  |  |  | | | |   | | |  || ||   |     ||   | || | ||  || | |  |  || | || | ||     
TGCTAGCGTCTCAAAGTATCCAGCTCGGCTTGAATGATATTGTTGTTGCTGGTGGGATGGAGAGCATGTCAAACGTACCTAAGTACCTCCCGGACGCAAGgtgctttttgagtttcctaactcaaacttgtagaaacaaacccaagagaggcatattccatctgtttttatcatctcgtttattc-tttactctgatttctgttagcag

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv18s0089g00570.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
TGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt---attacttggtggat-atattcaatatcgagctgcataaaccaaatgatagtcttaagttatttggtagatacatgcatgcttact-tatctt-----------------------------------------------------------------
    |  |  |  ||  |    | |  |||  |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || ||| | |  || || | ||  ||  ||    | |  || |  || || |  | |     |||   | |    ||    | ||| |   ||| ||   ||  ||||   |   | |  || ||                                                                 
----TTTAAGAGGGTTGA---GAGTATGTAAAAATGATGTAGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGAATGTCTAATGCGCCTAAATACCTAGTAGATGCAACgttagctttttgggtcatgtgatcaattatgtctattgagttgcttgcttagtttaacatgattctcag--tatgtgaacgaagcatgttgggccagtacatattgttgccgttcttactaatagggagaagtgtctatgtatctaagctgactctgagcttataaacag

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv18s0089g00590.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
-TGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt---attacttggtggatatattcaatatcgagctgcata---aaccaaatgatagtcttaagttatttggtagatacatgcatgcttacttatctt
 || | |    | ||    |   | |  |||  |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || ||| | |  || || | ||  ||  ||    | |  || |  || |  ||  ||| ||| ||| |    |    ||    | ||| |   ||| ||    |  ||||   |   | | |  | 
GTGATAGTTTAAGAGG-GTTGAGAGTATGTAAAAATGATGTAGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGTATGTCTAATGCGCCTAAATACCTAGTAGATGCAACgttagctttttgggtcatgtgatcaattttgtc--tattgagttgcttgcttagtttaacatgattctcag--tatgtgaacaaagcatgttgggccagt-acat-

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv12s0057g01200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaattattacttg---gtggatatattcaatatcgagctgcataaaccaaatgatagtcttaagttatttggtagatacatgcatgcttacttatctt
|| | |||||||||   || || |||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||  || || ||| | || ||||| ||||    | |    ||||     ||| ||  |  | ||      |   |||  ||||| ||             ||| |   |   |   |  |||  |   | 
TGCTCGCAGCACAGAGTATCCAGTTGGGTGTCAATGATATTGTTGTGTCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattccccacttattcatggttaattatattaaaatttttattaattcaaatcatgactgcccacagattgttttttgttt---tttttagatgcttc

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv00s0531g00050.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
TGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgca-----attattacttggtggatatattcaatatcgagctgcataaaccaaatgatagtcttaagttatttggtagatacatgcatgcttacttatctt
||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || ||| | |   | || ||||  | |     ||||  |  | |   ||  |||| |    ||  |  | |||  ||   | |    |||  || |    |   |  |        |   | |  
TGTTTGCTGCACAGTCTATCCAATTGGGTGTCAATGATGTAGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGTATGTCTAATGCGCCTAAATACCTAGTATATGCAAGgttagtatggaaattagaatcttggaaat-cattcgaagatgacatttaaaaaaaaataaaaaaaaataa--taataaaaacgaatcttagcatcaatgaagc--

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78087735|gb|DV516128.1|DV516128
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|33771209|gb|CF273388.1|CF273388
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|148999650|gb|EE036638.2|EE036638
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|149101180|gb|EE187290.2|EE187290
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|149017000|gb|EE045657.2|EE045657
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|211145464|gb|FL359543.1|FL359543
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTG
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTG
EST: gi|76284260|gb|DV023828.1|DV023828
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|32864391|gb|CF004073.1|CF004073
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|149081077|gb|EE170177.2|EE170177
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|148983224|gb|EE029187.2|EE029187
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|148965993|gb|EE016923.2|EE016923
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|149009773|gb|EE041672.2|EE041672
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|211292808|gb|FL187022.1|FL187022
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|76017959|gb|DT945129.1|DT945129
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|71327673|gb|DR800451.1|DR800451
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|31353258|gb|CD437615.1|CD437615
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|78091716|gb|DV520090.1|DV520090
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|67042602|gb|CO468857.1|CO468857
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|76921562|gb|DV168618.1|DV168618
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|50324587|gb|CO519713.1|CO519713
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCTGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaattattacttggtggatatattcaatatcgagctgcataaaccaaatgatagtcttaagttatttggtagatacatgcatgcttacttatctt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC