1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
TATACGAGATTGGTGGTGGCTCTGGAACATGCGCAAAGTGCATACTTGATTACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatatgtatcttcatttcttgattcaatatcagaaattcagaataatatagggttcaagcattccatataaaggtagatattactggcagtggttactccttgtgctgccatgcttttgccgttctagcattttgtgacatgtggcatgtgctctttatgctttgaccttacctttatcttcatttgctag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G101217_T08 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|19436955|gb|BM953365.1|BM953365
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|71327533|gb|DR800378.1|DR800378
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|71418854|gb|DR804568.1|DR804568
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT ---AG-A----TTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|50336106|gb|CO531232.1|CO531232
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAEST: gi|50325602|gb|CO520728.1|CO520728
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAA
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|71312573|gb|DR792811.1|DR792811
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|93012306|gb|EB637826.1|EB637826
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|76924073|gb|DV169790.1|DV169790
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|93012540|gb|EB638060.1|EB638060
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TATACGAGATTGGTGGTGGCTCTGGAACATGCGCAAAGTGCATACTTGATTACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatatgtatcttcatttcttgattcaatatcagaaattcagaataatatagggttcaagcattccatataaaggtagatattactggcagtggttactccttgtgctgccatgcttttgccgttctagcattttgtgacatgtggcatgtgctctttatgctttgaccttacctttatcttcatttgctag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG