1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GTCTCGATCGGTTACTTTTTGACAGACTTGACGATGATCATGCTGTATTTTCCTTCTTTAGGTGGAAATGAGTATgtaagtatcgctctgtcaaatagcacatgctctagttcttaacggagtttttctggttgtggtttcctctgtatcaggagctagttttcctaatattgatgtttcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G021589_T02 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACTTGACGATGATCATGCTGTATTTTCCTTCTTTAGGTGGAAATGAGTAT CTCTTGCATCACGGACTTTCTATGTATGCAATTGGTCTTGCTTTATTGAGTEST: gi|13557778|gb|BG549134.1|BG549134
genomic: ACTTGACGATGATCATGCTGTATTTTCCTTCTTTAGGTGGAAATGAGTATgtaagtatcg ... gatgtttcagCTCTTGCATCACGGACTTTCTATGTATGCAATTGGTCTTGCTTTATTGAGT
EST: ACTTGACGATGATCATGCTGTATTTTCCTTCTTTAGGTGGAAATGAGTAT CTCTTGCATCACGGACTTTCTATEST: gi|22520701|gb|BU079512.1|BU079512
genomic: ACTTGACGATGATCATGCTGTATTTTCCTTCTTTAGGTGGAAATGAGTATgtaagtatcg ... gatgtttcagCTCTTGCATCACGGACTTTCTAT
EST: ACTTGACGATGATCATGCTGTATTTTCCTTCTTTAGGTGGAAATGAGTAT CTCTTGCATCACGGACTTTCTATGTATGCAATTGGTEST: gi|76290363|gb|DV029931.1|DV029931
genomic: ACTTGACGATGATCATGCTGTATTTTCCTTCTTTAGGTGGAAATGAGTATgtaagtatcg ... gatgtttcagCTCTTGCATCACGGACTTTCTATGTATGCAATTGGT
EST: ACTTGACGATGATCATGCTGTATTTTCCTTCTTTAGGTGGAAATGAGTAT CTCTTGCATCACGGACTTTCTATGTATGCAATTGGTCTTGCTTTATTGAGT
genomic: ACTTGACGATGATCATGCTGTATTTTCCTTCTTTAGGTGGAAATGAGTATgtaagtatcg ... gatgtttcagCTCTTGCATCACGGACTTTCTATGTATGCAATTGGTCTTGCTTTATTGAGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTCTCGATCGGTTACTTTTTGACAGACTTGACGATGATCATGCTGTATTTTCCTTCTTTAGGTGGAAATGAGTATgtaagtatcgctctgtcaaatagcacatgctctagttcttaacggagtttttctggttgtggtttcctctgtatcaggagctagttttcctaatattgatgtttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA