1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
CTTGAAAAAGGGAGAGTGGTCATCTTTGGTGGGATTGGTGTGGGCATTGGGAATCCATTGTTCACAACAGATACAGCTGCTGCCTTAAGAGCTTCAGAGAgtatgccattgcatcccgtccctaacgcctttttcattcttatggtttttccaatggacctgcacatggccaatgatttaaattagtttctatgaaagcctcagatgatgcagagaggaaactgactagctgtacttgctaaccag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G002978_T02 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAATCCATTGTTCACAACAGATACAGCTGCTGCCTTAAGAGCTTCAGAGA TCAACGCAGATGTTGTCCTTAAAGGTATTGTTGGTGATGATGAGTATGGCTEST: gi|149075947|gb|EE164512.2|EE164512
genomic: GAATCCATTGTTCACAACAGATACAGCTGCTGCCTTAAGAGCTTCAGAGAgtatgccatt ... tgctaaccagTCAACGCAGATGTTGTCCTTAAAGGTATTGTTGGTGATGATGAGTATGGCT
EST: GAATCCATTGTTCACAACAGATACAGCTGCTGCCTTAAGAGCTTCAGAGA TCAACGCAGATGTTGTCCTTAAAGGTATTGTTGGTGATGATGAGTATGGCTEST: gi|76289316|gb|DV028884.1|DV028884
genomic: GAATCCATTGTTCACAACAGATACAGCTGCTGCCTTAAGAGCTTCAGAGAgtatgccatt ... tgctaaccagTCAACGCAGATGTTGTCCTTAAAGGTATTGTTGGTGATGATGAGTATGGCT
EST: GAATCCATTGTTCACAACAGATACAGCTGCTGCCTTAAGAGCTTCAGAGA TCAACGCAGATGTTGTCCTTAAAGGTATTGTTGGTGATGATGAGTATGGCTEST: gi|60349804|gb|DN216777.1|DN216777
genomic: GAATCCATTGTTCACAACAGATACAGCTGCTGCCTTAAGAGCTTCAGAGAgtatgccatt ... tgctaaccagTCAACGCAGATGTTGTCCTTAAAGGTATTGTTGGTGATGATGAGTATGGCT
EST: GAATCCATTGCTCACAACAGATACAGCTGCTGCCTTAAGAGCTTCAGAGA TCAACGCAGATGTTGTCCTTAAAGGTATTGTTGGTGATGATGAGTATGGCT
genomic: GAATCCATTGTTCACAACAGATACAGCTGCTGCCTTAAGAGCTTCAGAGAgtatgccatt ... tgctaaccagTCAACGCAGATGTTGTCCTTAAAGGTATTGTTGGTGATGATGAGTATGGCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTTGAAAAAGGGAGAGTGGTCATCTTTGGTGGGATTGGTGTGGGCATTGGGAATCCATTGTTCACAACAGATACAGCTGCTGCCTTAAGAGCTTCAGAGAgtatgccattgcatcccgtccctaacgcctttttcattcttatggtttttccaatggacctgcacatggccaatgatttaaattagtttctatgaaagcctcagatgatgcagagaggaaactgactagctgtacttgctaaccag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT