Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGGGGCAAGCTCCTGCAAGGCAAGCTGCTCTGGGTGCCGGGATACCAAACTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcgaatttatctgtctgtccttgtgtactctgctcagagttcacagaagtgagagattacctgaccatgctcttgttttcctttcctatatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G866758_T02
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os09g07830.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
TTGGGGCAAGCTCCTGCAAGGCAAGCTGCTCTGGGTGCCGGGATACCAAACTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcgaatttatctgtctgtccttgtgtactctgctcagagttcacagaagtgagagattacctgaccatgctcttgttttcctttcctatatgcag
|||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||||| | | ||||||||||| || |||||||||||||||||||  | |  | |    | | || ||  | |  | |||| |||        |||| | | |  |||||||| ||||  ||||||||  |||||| | |||||
TTGGGGCAAGCTCCTGCAAGACAAGCTGCTTTAGGTGCAGGGATACCAAACACAGTTGTTTGCAGCGCAGTTAACAAAGTTTGCGCATCTGGCATGAAAGgttacagttca-tgaggcagcctttc--tataaattctgttca--------agaaattatat-ttacctgatcatgggcttgtttttatttcctttctgcag

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA14G00760.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TTGGGGCAAGCTCCTGCAAGGCAAGCTGCTCTGGGTGCCGGGATACCAAACTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttg-----aatcgaatttat-ctgtctgtccttgtgtactctgctcagagttcacagaagtgagagattacctgaccatgctcttgttttcctttcctatatgcag
|||||||||||||||||||| ||||||||||| || || || ||| | || || ||| | ||||| || ||||||||||| |||||||| || ||||||||| ||     |||  ||   || || | |||   | |||| | |  |   |    | ||||    || ||||    ||| || ||| ||| |                
TTGGGGCAAGCTCCTGCAAGACAAGCTGCTCTTGGAGCAGGAATATCCAATTCAGTTATCTGCACTACCGTTAACAAAGTTTGTGCATCAGGAATGAAAGgtgtgtttataataaaaacaattctatttgtttctttgtatttttatttaaaaatatagaaaaaggatatta----accttgttctggttattgcag-----------

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA02G47860.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TTGGGGCAAGCTCCTGCAAGGCAAGCTGCTCTGGGTGCCGGGATACCAAACTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttga-----atcgaatttat-ctgtctgtccttgtgtactctgctcagagttcacagaagtgagagattacctgaccatgctcttgttttcctttcctatatgcag
|||||||||||||||||||| ||||||||||| || || || ||| | || || ||  | || || |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||      ||  |||| || || | |||   | |||| | || | | |    | || |    || ||||    | | || ||| ||| |                
TTGGGGCAAGCTCCTGCAAGACAAGCTGCTCTTGGAGCAGGAATATCCAATTCAGTAATCTGTACTACTGTTAACAAAGTTTGTGCATCAGGAATGAAAGgtttgtttattataaaattaattctatttgtttctttgtattttgtttaaaaaatataggaaaaggatatta----aacttgttctggttattgcag-----------

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT5G48230.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TTGGGGCAAGCTCCTGCAAGGCAAGCTGCTCTGGGTGCCGGGATACCAAACTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcgaatttatctgtctgtccttgtgtactctgctcagagttcacagaagtgagagattacctgaccatgctcttgttttcctttcctatatgcag
||||| |||||||||||  | ||||||||| | ||||| || || || ||||||||| | || || || |||||||| || |||||||| ||||||||||||  |||     ||      | ||  ||  || | | |  | ||| ||    ||  |||    ||     |   |  ||| ||||   |      | | |||
TTGGGTCAAGCTCCTGCTCGTCAAGCTGCTTTAGGTGCAGGAATCCCTAACTCTGTTATCTGTACTACAGTTAACAAGGTTTGTGCATCAGGCATGAAAGgtgagaact---ttggaacatttgcgctc-tgcatttt--ttagacttt--tgatttgatgcttttgacaatgtttttctggtttgtttggtggtttttcag

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv00s0531g00050.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TTGGGGCAAGCTCCTGCAAGGCAAGCTGCTCTGGGTGCCGGGATACCAAACTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcgaatttatctgtctgtccttgtgtactc---tgctcagagttcacagaagtgagagattacctgaccatgc----tcttgttttcctttcctatatgcag
|||||||||||||| ||||| || || ||  ||||||| || ||||| || || || || ||||||||| |||||||||||||||| || || |||||||||  || || |  ||||||||  |    | |  | |    |  |||    ||| |   |    | |||| |  |   |      | |  ||||  | | ||  || |||
TTGGGGCAAGCTCCGGCAAGACAGGCGGCGTTGGGTGCGGGCATACCGAATTCAGTGGTGTGCACCACTATTAACAAAGTCTGTGCTTCAGGGATGAAAGgta-gattcta--ttatctgtgggaaactataaatttgagttgtcaattatcatatgtggacaatattatcaaagtgtatgacttgtcctttttgtcttcttgatccag

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: PP1S160_44V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
TTGGGGCAAGCTCCTGCAAGGCAAGCTGCTCTGGGTGCCGGGATACCAAACTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcgaatttatctgtctgtccttgtgtactctgctcagagttcacagaagtgagagattacctgaccatgctcttgttttcctttcctatatgcag
 | || |||||||| ||| |||| ||  |  | || || ||| | || ||| |||    |||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||  | ||        | ||| || |   |||| |       || | ||    |   |||  ||   ||  | |||   | | | |     | |  ||  | 
CTTGGACAAGCTCCGGCACGGCAGGCCTCCATTGGGGCAGGGCTTCCCAACACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattcgtagcgtttgtgtg-ctccgtgttcggcagatagtgatcttttactggagtaatc-tctaccaatgtgataggtctatgcacgttaattgat

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|101395310|gb|EB819585.1|EB819585
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGGTT
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTG-TT
EST: gi|78087735|gb|DV516128.1|DV516128
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|148991412|gb|EE032913.2|EE032913
EST:     TCTTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTTGCAGCACAGTCAAATTCAATTGGGTATCAATGATATT
genomic: TCT-GTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTT-GCAGCACAGTCAA-TTCAATTGGGTATCAATGATATT
EST: gi|33771209|gb|CF273388.1|CF273388
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|148999650|gb|EE036638.2|EE036638
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|149101180|gb|EE187290.2|EE187290
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|149017000|gb|EE045657.2|EE045657
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|211492112|gb|FL334536.1|FL334536
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|211211228|gb|FL354194.1|FL354194
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGAT
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGAT
EST: gi|211145464|gb|FL359543.1|FL359543
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|76284260|gb|DV023828.1|DV023828
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|32864391|gb|CF004073.1|CF004073
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|211372672|gb|FL327042.1|FL327042
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGGATATTTGT
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATG-ATATT-GT
EST: gi|149081077|gb|EE170177.2|EE170177
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|148983224|gb|EE029187.2|EE029187
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|148965993|gb|EE016923.2|EE016923
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|149009773|gb|EE041672.2|EE041672
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|211107249|gb|FL258173.1|FL258173
EST:     CTCCGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGGTATCAATGATATTGTT
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGG-TATCAATGATATTGTT
EST: gi|76017959|gb|DT945129.1|DT945129
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|71327673|gb|DR800451.1|DR800451
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|31353258|gb|CD437615.1|CD437615
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|78091716|gb|DV520090.1|DV520090
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|211107251|gb|FL258175.1|FL258175
EST:     CTCCGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|67042602|gb|CO468857.1|CO468857
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|211107248|gb|FL258172.1|FL258172
EST:     CTCCGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CYACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGG
EST: gi|211033052|gb|FL319725.1|FL319725
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGT
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGT
EST: gi|211195416|gb|FL326468.1|FL326468
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAA
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAA
EST: gi|76921562|gb|DV168618.1|DV168618
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
EST: gi|50324587|gb|CO519713.1|CO519713
EST:     CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAG                         CTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG
genomic: CTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcg ... ctatatgcagCTACTATGTTTGCAGCACAGTCAATTCAATTGGGTATCAATGATATTGTTG