Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTGgtaagcgtctatgtttcatcatcaaattttcaaagcccccttctctggttctgtttgcacttgttctaggggttgctgctacattcatgatacttctgtacattcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G351160_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149069091|gb|EE157818.2|EE157818
EST:     TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTG                         ACTTATGGCAATGGTCGGAGATGACTGGCTTTGGTGATTTACCGTCACCAC
genomic: TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTGgtaagcgtct ... gtacattcagACTTATGGCAATGGTCGGAGATGACTGGCTTTGGTGATTTACCGTCACCAC
EST: gi|78106677|gb|DV525095.1|DV525095
EST:     TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTG                         ACTTATGGCAATGGTCGGAGATGACTGGCTTTGGTGATTTACCGTCACCAC
genomic: TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTGgtaagcgtct ... gtacattcagACTTATGGCAATGGTCGGAGATGACTGGCTTTGGTGATTTACCGTCACCAC
EST: gi|60348204|gb|DN215177.1|DN215177
EST:     TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTG                         ACTTATGGCAATGGTCGGAGATGACTGGCTTTGGTGATTTACCGTCACCAC
genomic: TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTGgtaagcgtct ... gtacattcagACTTATGGCAATGGTCGGAGATGACTGGCTTTGGTGATTTACCGTCACCAC
EST: gi|76020393|gb|DT947563.1|DT947563
EST:     TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTG                         ACTTATGGCAATGGTCGGAGATGACTGGCTTTGGTGATTTACCGTCACCAC
genomic: TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTGgtaagcgtct ... gtacattcagACTTATGGCAATGGTCGGAGATGACTGGCTTTGGTGATTTACCGTCACCAC
EST: gi|78114121|gb|DV532510.1|DV532510
EST:     TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTG                         ACTTATGGCAATGGTCGGAGATGACTGGCTTTGGTGATTTACCGTCACCAC
genomic: TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTGgtaagcgtct ... gtacattcagACTTATGGCAATGGTCGGAGATGACTGGCTTTGGTGATTTACCGTCACCAC
EST: gi|148938635|gb|EC882966.2|EC882966
EST:     TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTG                         ACTTATGGCAATGGTCGGAGATGACTGGCTTTGGTGATTTACCGTCACCAC
genomic: TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTGgtaagcgtct ... gtacattcagACTTATGGCAATGGTCGGAGATGACTGGCTTTGGTGATTTACCGTCACCAC
EST: gi|89756288|gb|DY686365.1|DY686365
EST:     TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTG                         ACTTATGGCAATGGTCGGAGATGACTGGCTTTGGTGATTTACCGTCACCAC
genomic: TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTGgtaagcgtct ... gtacattcagACTTATGGCAATGGTCGGAGATGACTGGCTTTGGTGATTTACCGTCACCAC
EST: gi|148938619|gb|EC882949.2|EC882949
EST:     TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTG                         ACTTATGGCAATGGTCGGAGATGACTGGCTTTGGTGATTTACCGTCACCAC
genomic: TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTGgtaagcgtct ... gtacattcagACTTATGGCAATGGTCGGAGATGACTGGCTTTGGTGATTTACCGTCACCAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 29 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 146

TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTGgtaagcgtct ... gtacattcagACTTATGGCAATGGTCGGAGATGACTGGCTTTGGTGATTTACCGTCACCACGAGAGTTTGCTGCTGCTTCAGCCATAGGAAACAGAAAGATTGTTAT


Block sizes: 29 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 82

TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTGgtaagcgtct ... gtacattcagACTTATGGCAATGGTCGGAGATGACTGGCTTTGGTGATTTACCGTCACCACGAGAGTTTGCTGCTGCTTCAGCCATAGGAAACAGAAAGATTGTTAT


Block sizes: 44 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 102

TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTGgtaagcgtct ... gtacattcagACTTATGGCAATGGTCGGAGATGACTGGCTTTGGTGATTTACCGTCACCACGAGAGTTTGCTGCTGCTTCAGCCATAGGAAACAGAAAGATTGTTAT


Block sizes: 29 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 121

TTTAGGTGATTTCTGGATGCTAGACACTGgtaagcgtct ... gtacattcagACTTATGGCAATGGTCGGAGATGACTGGCTTTGGTGATTTACCGTCACCACGAGAGTTTGCTGCTGCTTCAGCCATAGGAAACAGAAAGATTGTTAT