1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GGATGGCCTGTATGGAAGGCACCTGCATGTGTACGACTGGCCTGGCGGTGAGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataatattaaataagttgaagctgctgcaagaataatttggcatcggtctatatatttttacctttgagctatcatggtttctttgtaaatgctaccggaatatatggtgcttccacctgttgtgacatgtttctctgtttgtttgtttcccctgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G103812_T02 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAG GTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCTEST: gi|5895606|gb|AW036852.1|AW036852
genomic: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataat ... tcccctgcagGTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCT
EST: TGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAG GTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGTTGTGCTEST: gi|149083207|gb|EE172484.2|EE172484
genomic: TGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataat ... tcccctgcagGTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCT
EST: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAG GTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCEST: gi|85151683|gb|DW587480.1|DW587480
genomic: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataat ... tcccctgcagGTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGC
EST: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAG GTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGTTGTGCTEST: gi|38502601|gb|CF972461.1|CF972461
genomic: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataat ... tcccctgcagGTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCT
EST: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAG GTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGTTGTGCTEST: gi|5268463|gb|AI770427.1|AI770427
genomic: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataat ... tcccctgcagGTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCT
EST: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAG GTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCTEST: gi|31355194|gb|CD439551.1|CD439551
genomic: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataat ... tcccctgcagGTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCT
EST: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAG GTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCTEST: gi|31354133|gb|CD438490.1|CD438490
genomic: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataat ... tcccctgcagGTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCT
EST: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAG GTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCTEST: gi|60355186|gb|DN222159.1|DN222159
genomic: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataat ... tcccctgcagGTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCT
EST: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAG GTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCTEST: gi|32941574|gb|CF046393.1|CF046393
genomic: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataat ... tcccctgcagGTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCT
EST: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAG GTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGTTGTGCTEST: gi|31349415|gb|CD433772.1|CD433772
genomic: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataat ... tcccctgcagGTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCT
EST: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAG GTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCTEST: gi|31360531|gb|CD444888.1|CD444888
genomic: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataat ... tcccctgcagGTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCT
EST: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAG GTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCTEST: gi|6994143|gb|AW453357.1|AW453357
genomic: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataat ... tcccctgcagGTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCT
EST: GATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAG GTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCTEST: gi|67021527|gb|CO450276.1|CO450276
genomic: GATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataat ... tcccctgcagGTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCT
EST: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAG GTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCTEST: gi|31355476|gb|CD439833.1|CD439833
genomic: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataat ... tcccctgcagGTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCT
EST: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAG GTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCTEST: gi|31356060|gb|CD440417.1|CD440417
genomic: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataat ... tcccctgcagGTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCT
EST: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAG GTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCTEST: gi|40334707|gb|CK368777.1|CK368777
genomic: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataat ... tcccctgcagGTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCT
EST: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAG GTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGTTGTGCTEST: gi|14701287|gb|BI233705.1|BI233705
genomic: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataat ... tcccctgcagGTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCT
EST: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAG GTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGTTGTGCTEST: gi|67031397|gb|CO460146.1|CO460146
genomic: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataat ... tcccctgcagGTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCT
EST: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAG GTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGGTGTGCNEST: gi|32865912|gb|CF005594.1|CF005594
genomic: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataat ... tcccctgcagGTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGC-
EST: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAG GTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGTTGTGCT
genomic: AGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataat ... tcccctgcagGTGAGGTTTTTACATGATCCATCAAAGGACACTGGCTATGTTGGCTGTGCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGATGGCCTGTATGGAAGGCACCTGCATGTGTACGACTGGCCTGGCGGTGAGCTCAAGCAGACACTTGATCTAGGTGACACTGGACTCCTTCCCCTTGAGgtaatataatattaaataagttgaagctgctgcaagaataatttggcatcggtctatatatttttacctttgagctatcatggtttctttgtaaatgctaccggaatatatggtgcttccacctgttgtgacatgtttctctgtttgtttgtttcccctgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA