Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCTTCATGGAGGGTGCCTACAACCGAGTGTTAAGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtgggattctgttactcctgtttatttgattgtttgattttatctcattgtgttttcctgctctcacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G073077_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G073077_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g25420.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
CCTTCATGGAGGGTGCCTACAACCGAGTGTTAAGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtgggattctgttac-----------tcctgtttatttgattgtttgattttatctcattgtgttttcc-tgctctcacag-------------------------
| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||| || || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||| |||   ||| | ||||           | ||  | |||||||   ||||||| |  |  |||||    || |  || |  |                          
CATTTATGGAGGGTGCTTACAACCGAGTGTTGAGCGCTCGCCAGGCTGTGCCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataattatattactgtattactggtgcttctcatttgatgtattgatttaaaat--ttgtgcagcccataatcccttatttgaatgcttgttctgcacatgcag

upper sequence: GRMZM2G073077_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: PP1S48_71V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 5
CCTTCATGGAGGGTGCCTACAACCGAGTGTTAAGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtgggattctgttactcctgtttatttgattgtttgattttatctcatt-----------gtgttttcctgctctcacag---------------------------------------
| |||||||||||||| ||||| || ||| | || || || |||||||| |||||||| || || || ||||| ||||||||||| || ||||| || ||||  |     |     ||     ||||  | | ||  |||  |  ||    ||            | |  || || | ||                                           
CTTTCATGGAGGGTGCTTACAATCGTGTGCTGAGTGCACGTCAAGCTGTTCCACATGAAACTTACGTGTACTTTATGGACCTTCTTGCTAAGACTGTCAGgtatgattcctatatatataatggttttctgggtttattgcgtacattctgttctttgcaaggaatatgctcttgttttcgggaatattggtaatgatgtactttcattatcatcgtgcacag

upper sequence: GRMZM2G073077_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: PP1S68_29V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 5
CCTTCATGGAGGGTGCCTACAACCGAGTGTTAAGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtgggattctgttactcctgtttatttgattgtttgattttatctca-ttgtgttttcc------tgctctcacag-------------------------------------------------------
| ||||||||||| ||||||||||| ||  |||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||  |    |    |  | |     | | ||  | | | ||||   |   |  || |||||        |||||| || |                                                       
CGTTCATGGAGGGCGCCTACAACCGTGTTCTAAGTGCCCGTCAAGCTGTTCCACATGAAACTTATGTGTACTTTATGGACCTTCTTGCCAAGACTGTCAGgtatgatacaccaaggaattatgaatgactttctcggtggattgactagaaactgcgtttttgcaaggatgctcttactgttgcaaagatcatggtaatgatgtactcaataattactcatttcattgtgcacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5055559|gb|AI734446.1|AI734446
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|23357704|gb|BU645353.1|BU645353
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAA
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAA
EST: gi|22490601|gb|BU050524.1|BU050524
EST:     TCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: TCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|74240003|gb|DT647917.1|DT647917
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCCTATCTGTAA
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCC-TATCTGTAA
EST: gi|32837884|gb|CD977562.1|CD977562
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|12970972|gb|BG267250.1|BG267250
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|71428537|gb|DR809587.1|DR809587
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAANAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|211365708|gb|FL031157.1|FL031157
EST:     TCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: TCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|56382239|gb|CV984908.1|CV984908
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGATATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|19057828|gb|BM736495.1|BM736495
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTG
EST: gi|18654920|gb|BM499725.1|BM499725
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|71442771|gb|DR823821.1|DR823821
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|87152277|gb|DY397066.1|DY397066
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|19769759|gb|BQ034480.1|BQ034480
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|76013186|gb|DT940356.1|DT940356
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|32839334|gb|CD979015.1|CD979015
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|5006235|gb|AI712297.1|AI712297
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|19058306|gb|BM736973.1|BM736973
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTCCTTCATGGCCCTTCTCGCCAAGCCAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|8930284|gb|BE225048.1|BE225048
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|110210675|gb|EC892572.1|EC892572
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|28982970|gb|BQ538420.2|BQ538420
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|60353681|gb|DN220654.1|DN220654
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|16920046|gb|BM074472.1|BM074472
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|21331201|gb|BQ486582.1|BQ486582
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|76013187|gb|DT940357.1|DT940357
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|211123288|gb|FL412657.1|FL412657
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|19822102|gb|BQ048126.1|BQ048126
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|60343651|gb|DN210624.1|DN210624
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|32827415|gb|CD967093.1|CD967093
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|32838331|gb|CD978009.1|CD978009
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|32857529|gb|CD997210.1|CD997210
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|32839364|gb|CD979045.1|CD979045
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|71331372|gb|DR802521.1|DR802521
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAANAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|60396436|gb|DN229305.1|DN229305
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|148947219|gb|EC892573.2|EC892573
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|211193238|gb|FL445829.1|FL445829
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|60358231|gb|DN225204.1|DN225204
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|56382240|gb|CV984909.1|CV984909
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGATATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|50327367|gb|CO522493.1|CO522493
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|32838398|gb|CD978076.1|CD978076
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|21088919|gb|BQ401232.1|BQ401232
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|6827668|gb|AW331311.1|AW331311
EST:     CCCCATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|78027317|gb|DV495704.1|DV495704
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|19769355|gb|BQ034076.1|BQ034076
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTGCTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|211144477|gb|FL393223.1|FL393223
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|17931684|gb|BM268644.1|BM268644
EST:     GCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: GCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 169

CCTTCATGGAGGGTGCCTACAACCGAGTGTTAAGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAGTGATGCAAAACAAATGCTTATGTTCAGTTCTGACCAAGATCTGCACGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 170

CCTTCATGGAGGGTGCCTACAACCGAGTGTTAAGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAGTGATGCAAAACAAATGCTTATGTTCAGTTCTGACCAAGATCTGCACGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 206

CCTTCATGGAGGGTGCCTACAACCGAGTGTTAAGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAGTGATGCAAAACAAATGCTTATGTTCAGTTCTGACCAAGATCTGCACGAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 115

CCTTCATGGAGGGTGCCTACAACCGAGTGTTAAGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAGTGATGCAAAACAAATGCTTATGTTCAGTTCTGACCAAGATCTGCACGAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCTTCATGGAGGGTGCCTACAACCGAGTGTTAAGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtgggattctgttactcctgtttatttgattgtttgattttatctcattgtgttttcctgctctcacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA