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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCCCTCCTTCCACAACTACCGGATCTGGTCCTTCCTCGGCCTCCTCATGACCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgcgctgagcgtgtgatatgatgcactagtcgattgatcgcctgcttgcgctatgtccagcagatcgtgtatatggccgtaccaaacattaattgatggacgacaatattatag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G045057_T02
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G045057_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA06G11540.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
CCCCTCCTTCCACAACTACCGGATCTGGTCCTTCCTCGGCCTCCTCATGACCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgcgctgagcgtgtgatatgatgcactagtcgattgatcgcctgcttgcgctatgtccagcagatcgtgtatatggccgtaccaaacatta--attgatggacgacaatattatag----------------------------
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CCCTTCTTTCCACAACTACAGAATCTGGTCATTCTTGGGCCTCGTGATGACCACTTACACTGCATGGTATATGACCATAGCTTCCCTTACCCATGGCCAGgtaaaaagactcgatatttaggagcctcaacatcagcataaaattaaagcaaatcaaataacaatgattgctaacacatgtgat-ataataagtattattgttgctaattatttgtgttcttcaattaatattctgtgtgtttctctaaag

upper sequence: GRMZM2G045057_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA11G11310.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
CCCCTCCTTCCACAACTACCGGATCTGGTCCTTCCTCGGCCTCCTCATGACCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgcgctgagcgtgtgatatgatgc--actagtcgattgatcgcctgcttgcgctatgtccagcagatcgt-gtatatggccgtaccaaacattaattgatggacgacaatattatag----------------
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TCCTTCCTTTCACAACTACAGAATCTGGTCCTTTTTGGGCCTCCTTATGACCACTTACACTGCTTGGTATCTCACAGTTGCCTCTCTCCTTCACGGTCAGgtaacaataa--taaatttacaaacagatacgtactactacattattattattattac-tgatattcaattattaattatatgcaattgtaattaat-ttagtagtaatgctatgcttttccgattgttattatgcttag

upper sequence: GRMZM2G045057_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA06G00690.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
CCCCTCCTTCCACAACTACCGGATCTGGTCCTTCCTCGGCCTCCTCATGACCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgcgctgagcgtgtgatatgatgcactagtcgattgat-cgcctgcttgcgc-tatgtccagcagatcgtgtatatggccg--tacca-aacattaattgatg--gacgacaatattatag-----
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CCCTTCCTTCCACAACTACAGAATCTGGTCCTTTCTTGGCCTCCTCATGACCACTTACACTGCTTGGTACCTCACTGTTGCCTCTCTCCTTCACGGCCAGgtaataacaatttagatttgcaaataaataaatgcatatatatacatatatatatatatatatatatgaattattatatttattagtggctactataataatatgcgatcttgatgttactatgattgtgtag

upper sequence: GRMZM2G045057_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA12G03490.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
CCCCTCCTTCCACAACTACCGGATCTGGTCCTTCCTCGGCCTCCTCATGACCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgcgctgagcgtgtgatatgatgcac-tagtcgattgatcgcctgcttgcgctatgtccagcagatcgtg-tatatggccgtaccaaacattaattgatggacgacaatattatag----------------
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TCCTTCCTTTCACAACTACAGAATCTGGTCCTTTTTGGGCCTCCTCATGACCACTTACACTGCCTGGTATCTCACAGTTGCCTCTCTCCTTCACGGTCAGgtg-aca-acaatattcataaattaagttacaaataatttattattattattatttca-tacattaaattattaatgatatgaaactgtcattaatat-agtagtaatgctatgtttttccaattgttattatgcttag

upper sequence: GRMZM2G045057_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA04G00640.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
CCCCTCCTTCCACAACTACCGGATCTGGTCCTTCCTCGGCCTCCTCATGACCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgcgctgagcgtgtgatatgatgcactagtcgattgatcgcctgcttgcgctatgtccagcagatcgtgtatatggccgtacca-aacattaattgatggacgacaatattatag------------
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CCCTTCCTTCCACAACTACAGAATCTGGTCCTTTCTTGGCCTCCTCATGACCACTTACACTGCTTGGTACCTCACAGTTGCCTCTCTCCTTCACGGCCAGgtaataataatttagatttgcaaataaataatcatatatattatt--cctact-gtgatctatgaatcattatgtttcttagtggctactataataatatgcgatct-tgatgttactatatatgattgtgtag

upper sequence: GRMZM2G045057_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT2G21050.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
CCCCTCCTTCCACAACTACCGGATCTGGTCCTTCCTCGGCCTCCTCATGACCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgcgctgagcgtgtgatatgatgcactagtcgattgatcgcctgcttgcgctatgtccagcagatcgtgtatatggccgtaccaaacattaattgatggacgacaatattatag
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TCCTTCCTTCCACAACTACAGGATCTGGTCTTTTCTTGGACTCTTGATGACCACTTACACTGCTTGGTACCTCACCATTGCCTCTATCCTCCATGGACAGgtaacta---gttctttctttaatctaat----tagt---ttcaacg--agttaaagattagaatagctggtgatgt-tgtggcttaaggggactcaaaaacatcaacaa-agt-------

upper sequence: GRMZM2G045057_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv03s0038g02140.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
CCCCTCCTTCCACAACTACCGGATCTGGTCCTTCCTCGGCCTCCTCATGACCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgcgctgagcgtgtgatatgatgcactagtcgattgatcgcctgcttgcgctatgtccagcagatcgtgtatatggccgtaccaaacattaattgatggacgacaatattatag
 || || |||||||||||| | |||||||||||| | ||| |  |||||||||| ||||| || |||||||||||  ||||  || ||   || || ||||||  ||| |        | | ||   |   | ||  | |   ||    |  |     || ||  |  |  |  | ||| |     |   |   |||  || |||| |             
TCCTTCATTCCACAACTACAGAATCTGGTCCTTCTTGGGCTTGATCATGACCACTTACACTGCCTGGTACCTCACTGTTGCATCCCTCCTCCATGGCCAGgtac-tatacat---atatctcattcaaccaaatatccaaaacatatgatattaaaatta-gtaaatgattttatttatttatttat-ttatttatttgttaatgggcag-----------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78112333|gb|DV530727.1|DV530727
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|71764011|gb|DR961948.1|DR961948
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|50328669|gb|CO523795.1|CO523795
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|78082524|gb|DV510936.1|DV510936
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|76288759|gb|DV028327.1|DV028327
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|91874194|gb|EB404151.1|EB404151
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|71758159|gb|DR956096.1|DR956096
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|78120350|gb|DV538734.1|DV538734
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|74233955|gb|DT641869.1|DT641869
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|148934104|gb|EC878118.2|EC878118
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|76926808|gb|DV171015.1|DV171015
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|149082574|gb|EE171769.2|EE171769
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|71767925|gb|DR965862.1|DR965862
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|78089315|gb|DV517689.1|DV517689
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|76917088|gb|DV166674.1|DV166674
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|76010505|gb|DT937675.1|DT937675
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|93283664|gb|EB675928.1|EB675928
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|78107103|gb|DV525521.1|DV525521
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|50327191|gb|CO522317.1|CO522317
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|91869460|gb|EB400396.1|EB400396
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|76010835|gb|DT938005.1|DT938005
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|71444735|gb|DR825785.1|DR825785
EST:     CCACGTACACCGCATGGTACCTCACCATCGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGACCCAAGCAAGATGGTGCTGTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|94474307|gb|EB703265.1|EB703265
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|148959931|gb|EE153170.2|EE153170
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|88748025|gb|DY532166.1|DY532166
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|78088592|gb|DV516985.1|DV516985
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|78125247|gb|DV543631.1|DV543631
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|148966351|gb|EE017338.2|EE017338
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|149098688|gb|EE184698.2|EE184698
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|76922170|gb|DV168885.1|DV168885
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
genomic: CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAGgtatatatgc ... aatattatagGTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
EST: gi|78076145|gb|DV504579.1|DV504579
EST:     CCACCTACACCGCATGGTACCTCACCATTGCCGCCATCGCACACGGTCAG                         GTGGAAGGTGTGACGCACTCGGGCCCAAGCAAGATGGTGCTCTACTTCACC
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