1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
TGTTTGCGGCTCAAAGTATTCAGCTGGGGATCAACGATGTTGTGGTCGCCGGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattactattctcaactgatgttacagactagatgcttttgtcgtaagcgtcctctgttgtattgtagcttgtgcttacaacaagtgaaaataaaatgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G860137_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACCTGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|93281948|gb|EB674212.1|EB674212
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|78180536|gb|DV551029.1|DV551029
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|149110543|gb|EE190473.2|EE190473
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|149087112|gb|EE176651.2|EE176651
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|78087866|gb|DV516259.1|DV516259
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|71426143|gb|DR807193.1|DR807193
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|71439486|gb|DR820536.1|DR820536
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|149084568|gb|EE174037.2|EE174037
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|8577057|gb|BE129694.1|BE129694
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: CATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|20803192|gb|BQ294242.1|BQ294242
genomic: CATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|89248149|gb|DY619935.1|DY619935
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCEST: gi|89248499|gb|DY620285.1|DY620285
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTC
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGAATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGEST: gi|37419864|gb|CF647618.1|CF647618
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGA-TGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGG
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGEST: gi|149083757|gb|EE173120.2|EE173120
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGG
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATEST: gi|93016086|gb|EB641606.1|EB641606
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGAT
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|148945943|gb|EC891236.2|EC891236
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|149008549|gb|EE040725.2|EE040725
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTEST: gi|86475370|gb|DY241740.1|DY241740
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGT
EST: GGTGGCATGAAAAGCATGTCAAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGTATGCTCAAGGAEST: gi|148939632|gb|EC884275.2|EC884275
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|12047245|gb|BF729384.1|BF729384
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: TGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|89760643|gb|DY688974.1|DY688974
genomic: TGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|211024306|gb|FL368563.1|FL368563
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGGTCGGACATGATGEST: gi|50337630|gb|CO532756.1|CO532756
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATG
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|149071725|gb|EE160115.2|EE160115
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|78085615|gb|DV514008.1|DV514008
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|149067527|gb|EE157733.2|EE157733
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|78078473|gb|DV506886.1|DV506886
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|76914731|gb|DV165656.1|DV165656
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|71298333|gb|DR785148.1|DR785148
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTEST: gi|50322372|gb|CO517498.1|CO517498
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCT
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGAEST: gi|149029957|gb|EE286286.2|EE286286
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
EST: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAG ACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattact ... taaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGTTTGCGGCTCAAAGTATTCAGCTGGGGATCAACGATGTTGTGGTCGCCGGTGGCATGGAAAGCATGTCGAATGCCCCAAAATATGTGGCTGAAGCAAGgttcattactattctcaactgatgttacagactagatgcttttgtcgtaagcgtcctctgttgtattgtagcttgtgcttacaacaagtgaaaataaaatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG