1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
TTTGGCATACAGAACCTTCTTATCGATACTCGTGGAGTACATGATGTATTCAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctctcaccatattctgtctccatcataattttgttatgggaagatactagatacctaaagtattgttctggtttaactttgtatgattttgagt...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G806649_T03 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATAT TGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTCEST: gi|67015714|gb|CO444463.1|CO444463
genomic: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctct ... gtatattcagTGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
EST: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATAT TGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTCEST: gi|60353987|gb|DN220960.1|DN220960
genomic: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctct ... gtatattcagTGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
EST: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATAT TGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTCEST: gi|20337031|gb|BQ172661.1|BQ172661
genomic: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctct ... gtatattcagTGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
EST: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATAT TGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTCEST: gi|211214700|gb|FL050038.1|FL050038
genomic: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctct ... gtatattcagTGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
EST: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGSCCTTATAT TGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTCEST: gi|88754093|gb|DY538234.1|DY538234
genomic: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctct ... gtatattcagTGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
EST: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGTTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATAT TGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTCEST: gi|5005834|gb|AI711896.1|AI711896
genomic: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctct ... gtatattcagTGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
EST: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATAT TGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTCEST: gi|78545117|gb|DV622615.1|DV622615
genomic: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctct ... gtatattcagTGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
EST: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATAT TGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTCEST: gi|148946678|gb|EC891941.2|EC891941
genomic: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctct ... gtatattcagTGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
EST: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATAT TGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTCEST: gi|14202906|gb|BG836583.1|BG836583
genomic: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctct ... gtatattcagTGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
EST: CAAAATTGCSGCTGCTGGCTCTGCTACTGCMGCTGCTTTTGGCCTTATAT TGCCAGGGTCAATGWTGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
genomic: CAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctct ... gtatattcagTGCCAGGGTCAATGATGTGGCGTGCAAGGAATGTATTGGTGGGATCTGCTC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTTGGCATACAGAACCTTCTTATCGATACTCGTGGAGTACATGATGTATTCAACATTGCCGCTGCTGGCTCTGCTACTGCAGCTGCTTTTGGCCTTATATgtatgtctctcaccatattctgtctccatcataattttgttatgggaagatactagatacctaaagtattgttctggtttaactttgtatgattttgagt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT