1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
TGGCTTGTTGAATATAATGCAGCGTTGGCATCAGTCTGTTTTATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgcttgtcagacagtcttttttttttctcgaacgcgcaagagacatgcgcattttttcattaagtaggaatagaaaaagatccaaaatggatca...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G137707_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGT GAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGCEST: gi|71438733|gb|DR819783.1|DR819783
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
EST: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGT GAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGCEST: gi|74232443|gb|DT640357.1|DT640357
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
EST: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGT GAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGCEST: gi|50331152|gb|CO526278.1|CO526278
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
EST: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGT GAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGCEST: gi|91874805|gb|EB404762.1|EB404762
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
EST: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCCATGATGTTCTTGATGTTCCCTGGAGAGT GAAACTGGCATTGCCCACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGGEST: gi|101388899|gb|EB816431.1|EB816431
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATG-
EST: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGT GAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGCEST: gi|149041344|gb|EE046982.2|EE046982
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
EST: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGT GAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGEST: gi|149107025|gb|EE188920.2|EE188920
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTG
EST: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGT GAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGCEST: gi|78122710|gb|DV541094.1|DV541094
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
EST: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGT GAAAGTGGTATTGCCAACGTEST: gi|78108109|gb|DV526527.1|DV526527
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGT
EST: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGT GAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGCEST: gi|71442204|gb|DR823254.1|DR823254
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
EST: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGT GAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGGCTTGTTGAATATAATGCAGCGTTGGCATCAGTCTGTTTTATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgcttgtcagacagtcttttttttttctcgaacgcgcaagagacatgcgcattttttcattaagtaggaatagaaaaagatccaaaatggatca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA