1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GTACACACAATTGCCTCCAATGCTGGGGTGGAGGGAGCAGTAGTTGTAGGAAAGCTTTTGGAGCAAGAAAATACTGACCTGGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgtctcagcatttgcctgcccagtcatttttatctcaaacagttaaacatgatcaggtgctaaaggtgggggtgtttctacatatgcttgctgatatgtcatgaatgatattgtacag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G111477_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTTGGAGCNAG-AAATACTGACCTGGGTTATGATGCTGCTAAAG GTGAATATGTTGACATGGTGAAGACCGGTATCATTGACCCGCTAAAGGTTAEST: gi|4573112|gb|AI586761.1|AI586761
genomic: TTTGGAGCAAGAAAATACTGACCTGGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgtc ... tattgtacagGTGAATATGTTGACATGGTGAAGACCGGTATCATTGACCCGCTAAAGGTTA
EST: AAAGCTTTTGGAGCAAGAAAATACTGCCCTGGGTTATGATGCTGCTAAAG GTGAATATGTTGACATGGTGAAGACCGGTATCATTGACCCGCTAAAGGTTA
genomic: AAAGCTTTTGGAGCAAGAAAATACTGACCTGGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgtc ... tattgtacagGTGAATATGTTGACATGGTGAAGACCGGTATCATTGACCCGCTAAAGGTTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTACACACAATTGCCTCCAATGCTGGGGTGGAGGGAGCAGTAGTTGTAGGAAAGCTTTTGGAGCAAGAAAATACTGACCTGGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgtctcagcatttgcctgcccagtcatttttatctcaaacagttaaacatgatcaggtgctaaaggtgggggtgtttctacatatgcttgctgatatgtcatgaatgatattgtacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT