ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
cis-regulatory elements

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

TGTATGGGTTGCTAGGAAACCACCAGGGTTTGCCTTCATTGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataataactatggatgcctatttattactttgagggtgtttggttccacccaactaaactttagtccttgtcatatcaaatgtttgaatgataaat...

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G107896_T01
intron #	3
splice site	5'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G107896_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g39720.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3

TGTATGGGTTGCTAGGAAACCACCAGGGTTTGCCTTCATTGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataataactatggatgcctatttattactttgagggt-gtttggttccacccaactaaactttagtccttgtcatatcaaatgtttgaatgataaat
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||   |      ||   || || | || | | |  | | | ||||  |   |  || ||   ||   |   |    || |||| |  | | || | | | 
TGTATGGGTTGCTAGAAAACCACCAGGTTTTGCCTTTATTGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcgtagatatttgtctttgtagttcatgcaagatagtttcatgttatgca-cttctctaatgagttatctatttcaacttctggcattacatag

upper sequence: GRMZM2G107896_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA17G29080.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3

TGTATGGGTTGCTAGGAAACCACCAGGGTTTGCCTTCATTGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacat----aataactatgg-atgcctatttattactttgagggtgtttggttccacccaactaaactttagtccttgtcatatcaaatgtttgaatgataaat
||| ||||||||  | | |||||| || | ||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || || || ||||||||||  |    || || ||||   |    || || ||   | |   |      |   |      || |  |   |  |||  | ||    |  ||   || ||   
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttagaagaattatgttgttggaatgtaatagaattaaaatcaaaattaaaatgtgcatatatatgtatatttgctacattc--ttcttatctgcta---

upper sequence: GRMZM2G107896_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv04s0069g00800.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3

TGTATGGGTTGCTAGGAAACCACCAGGGTTTGCCTTCATTGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataataactatggatgcctatttattactttgagggtgtttggttccacccaac---taaactttagtccttgtcatatcaaatgtttgaatgataaat
||| ||||||||  | | ||||||||| | ||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| || || |||||||  || |||  ||   |  ||  | ||    || |  ||  |||  |   | | |    | ||| | |  ||       ||   || |        ||| |
TGTCTGGGTTGCACGCAGACCACCAGGCTATGCTTTTATCGACTTTGATGACCGTAGAGATGCACAAGATGCAATTCGTGAATTAGATGgtatgtattaaagat---tttcttgtaatggtgtttattgttcttgaattttctctatgcttgaacctcatgccaacaaccatttcatctcctttctctaatt

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|22521256|gb|BU080067.1|BU080067

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGTTTTGTTCAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|91052022|gb|EB162440.1|EB162440

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|101385910|gb|EB815003.1|EB815003

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|61236552|gb|DN586301.1|DN586301

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|71436668|gb|DR817718.1|DR817718

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|76287872|gb|DV027440.1|DV027440

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|78117243|gb|DV535630.1|DV535630

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|20803428|gb|BQ294478.1|BQ294478

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGCTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|91878775|gb|EB408732.1|EB408732

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|71430644|gb|DR811694.1|DR811694

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|89756366|gb|DY686416.1|DY686416

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|32908752|gb|CF013565.1|CF013565

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|211378265|gb|FL111128.1|FL111128

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGG-ATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|101384009|gb|EB814059.1|EB814059

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|71429329|gb|DR810379.1|DR810379

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|211380907|gb|FL111133.1|FL111133

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|211380906|gb|FL111132.1|FL111132

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|76014171|gb|DT941341.1|DT941341

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|50326567|gb|CO521693.1|CO521693

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|78081066|gb|DV509478.1|DV509478

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|211380904|gb|FL111130.1|FL111130

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|71595874|gb|DR906625.1|DR906625

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|78113845|gb|DV532234.1|DV532234

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

EST: gi|211378266|gb|FL111129.1|FL111129

EST:     TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATG                         GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG
genomic: TGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTG

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 339

TGTATGGGTTGCTAGGAAACCACCAGGGTTTGCCTTCATTGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataata ... tgcttgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTGGCCGAGACCGTAATGGTTCTGATATGAAGTGCTATGAGTGTGGTGAAGT

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 203

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 166

Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 178

Putative cis-regulatory sequences

atgc	intron	ATGC	exonic elements by Pertea et al.
ATGC	exon	atgc	putative intronic elements
		ATGC	putative exonic elements identified for retained introns

        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTATGGGTTGCTAGGAAACCACCAGGGTTTGCCTTCATTGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacataataactatggatgcctatttattactttgagggtgtttggttccacccaactaaactttagtccttgtcatatcaaatgtttgaatgataaat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG