1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
AAGTTGTTGCAAACTTGCAAAGACAGCAAGTATCCTCAAAGATAGTAGCGTCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactactgtccaataaaaaataactaacgacggttagttttctctcctttttttatcgaaataaatcattggaaacatttattatattgcttgttt...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G066051_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATEST: gi|148999214|gb|EE036133.2|EE036133
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAAT
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|78107219|gb|DV525637.1|DV525637
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|149072876|gb|EE161132.2|EE161132
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|18660671|gb|BM500986.1|BM500986
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: CTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|7844268|gb|AW787490.1|AW787490
genomic: CTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|6194845|gb|AW146949.1|AW146949
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|211268420|gb|FL369229.1|FL369229
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|71447694|gb|DR828744.1|DR828744
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|148955827|gb|EC901514.2|EC901514
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|71328881|gb|DR801123.1|DR801123
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|31354689|gb|CD439046.1|CD439046
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|60340162|gb|DN207135.1|DN207135
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATEST: gi|32856027|gb|CD995708.1|CD995708
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAAT
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|149082296|gb|EE171481.2|EE171481
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGGATGEST: gi|6994177|gb|AW453391.1|AW453391
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|7844267|gb|AW787489.1|AW787489
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|6022524|gb|AW067557.1|AW067557
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|6445388|gb|AW179351.1|AW179351
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|6056599|gb|AW091004.1|AW091004
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: GTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|149079796|gb|EE168794.2|EE168794
genomic: GTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGGATGEST: gi|149013854|gb|EE043335.2|EE043335
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tgccgtacagGTATGAGAACATGGACATCGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAGTTGTTGCAAACTTGCAAAGACAGCAAGTATCCTCAAAGATAGTAGCGTCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactactgtccaataaaaaataactaacgacggttagttttctctcctttttttatcgaaataaatcattggaaacatttattatattgcttgttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaataaa