Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCTCCTCGTGGAATTTTCTGCACCAGGACACTAAATCTTCGATCTATCAGTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatggcccatttttttgattcgcctataaacttttctgatacccagttgcacttttcgaaaattctgtaaatatgttgagctgatttgaccggt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G044819_T03
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G044819_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g14810.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
CTCTCCTCGTGGAATTTTCTGCACCAGGACACTAAATCTTCGATCTATCAGTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatggcccatttttttgattcgcctataaacttttctga--tacccagttgcacttttcgaaaattctgtaaatatgttgagctgatttgaccggt
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    | || |  |  | | | |||  ||   |||| |  ||     || ||  | |  |||||| |  | || |||||| ||||| ||||    
CTCTCCTCGTGGAATATTTTGCACCAGGACACTAAATCTTCGATCCATCAGTGTCATTGGCTATGATATGGACTATACATTGATTCACTACAATGTGATGgtacttcaatatctatatcatcaaattgtctacgaatcattctaaagtagatgattacatatgtacaaaattttacatatttgttgaactgatatgacat--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148953072|gb|EE152549.2|EE152549
EST:     GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
EST: gi|17970200|gb|BM276964.1|BM276964
EST:     TGTAGTTGGCTACGATATGGATTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
genomic: TGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
EST: gi|149071776|gb|EE160171.2|EE160171
EST:     GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
EST: gi|22935698|gb|BU571973.1|BU571973
EST:     GTGTAGTTGGCTACGATATGGATTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
EST: gi|148931443|gb|EC874416.2|EC874416
EST:     GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
EST: gi|211437118|gb|FL188840.1|FL188840
EST:     GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCCTGG-AAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCAT
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCC-TGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCAT
EST: gi|26559582|gb|CA831817.1|CA831817
EST:     GCGTAGTTGGCTACGATATGGATTATACATTAATTCATTACAATGTGATA                         GCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
EST: gi|71446139|gb|DR827189.1|DR827189
EST:     GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
EST: gi|87156662|gb|DY401451.1|DY401451
EST:     GTGTAGTTGGCTACGATATGGATTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
EST: gi|211437116|gb|FL188838.1|FL188838
EST:     GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
EST: gi|148967093|gb|EE018263.2|EE018263
EST:     GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATG
EST: gi|211437120|gb|FL188842.1|FL188842
EST:     GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATG                         GCCTGGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGGATGGACAACCTCAAGAGCA
genomic: GTGTAGTTGGCTACGATATGGACTATACATTAATTCATTACAATGTGATGgtacttcatg ... atttctgcagGCCTGGG-AAGGACGTGCATATGACTATGGG-ATGGACAACCTCAAGAGCA