1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GGCTGTTAATGTTGCCCTGTCACTGAGATATGAGATCAACAGGGGCTTTGCTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggttctctttcagcgttgtgtccagtgtaagacaattcttggtatcgtgctgatgcctggcacttttttcttcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G031308_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|60354473|gb|DN221446.1|DN221446
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|22819201|gb|BU499291.1|BU499291
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|60340794|gb|DN207767.1|DN207767
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|18161888|gb|BM331727.1|BM331727
genomic: CTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|166443826|gb|EG125230.1|EG125230
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: AGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|60343056|gb|DN210029.1|DN210029
genomic: AGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|20803130|gb|BQ294180.1|BQ294180
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|58029643|gb|CX725070.1|CX725070
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|60672324|gb|DN475087.1|DN475087
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAAATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAAAAATTCCTAATT GTTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAEST: gi|211230553|gb|FL431915.1|FL431915
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTT-ATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCA
EST: TACCTTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|78543726|gb|DV621224.1|DV621224
genomic: TACC-TTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|12046292|gb|BF728431.1|BF728431
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: ACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|211110393|gb|FL429146.1|FL429146
genomic: ACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTG-A-AAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|5706244|gb|AI942020.1|AI942020
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|6671481|gb|AW282159.1|AW282159
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: GAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|60398300|gb|DN231116.1|DN231116
genomic: GAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|32846671|gb|CD986352.1|CD986352
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTGAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|211123058|gb|FL373668.1|FL373668
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGYGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|211230554|gb|FL431916.1|FL431916
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: TGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|78180944|gb|DV551317.1|DV551317
genomic: TGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|211481757|gb|FL381851.1|FL381851
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|149108100|gb|EE292450.2|EE292450
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|78080520|gb|DV508932.1|DV508932
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|211220401|gb|FL437612.1|FL437612
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: GAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|76017609|gb|DT944779.1|DT944779
genomic: GAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|67024523|gb|CO453272.1|CO453272
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTGAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|30031873|gb|CB833724.1|CB833724
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|148958760|gb|EC905039.2|EC905039
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|6918437|gb|AW399967.1|AW399967
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|8666034|gb|BE186850.1|BE186850
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: GAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|166478704|gb|EG161584.1|EG161584
genomic: GAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|111991211|gb|EE332402.1|EE332402
genomic: CGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|22473080|gb|BU037560.1|BU037560
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|4827661|gb|AI668353.1|AI668353
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|149070242|gb|EE158642.2|EE158642
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|213168588|gb|FM186721.1|FM186721
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTGAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGGAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|38502736|gb|CF972596.1|CF972596
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTCEST: gi|60397050|gb|DN229869.1|DN229869
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
EST: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATT GTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
genomic: CTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggt ... ttttcttcagGTTATTGCAGGTCTCTGGCTTCTTTCAGTTCTCGGGAGCTGCTGCAACTTC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGCTGTTAATGTTGCCCTGTCACTGAGATATGAGATCAACAGGGGCTTTGCTACCTTAAGGGAGATTGGGCATGGCCGTGATCTGAAGAAATTCCTAATTgtatgttggttctctttcagcgttgtgtccagtgtaagacaattcttggtatcgtgctgatgcctggcacttttttcttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA