Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCATGTGTTATTCCTGCCCCCAGGAGATCTTTTTGCGGCAATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAATgtattgctctccatctcccagttctcattctttcagttttatccatgttccagatatgcttatatctgaattttattttttcatctgcttctttctcaag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G011456_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G011456_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g04660.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GCATGTGTTATTCCTGCCCCCAGGAGATCTTTTTGCGGCAATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAATgtattgctctccatctcccagttctcattctttcagttttatccatgttccagatatgcttatatc-tgaat-ttta----ttttttcatctgcttctttctcaag
|| || ||| ||||| | |||| |||||||| ||| | ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | ||||    |||||| | | | | |  ||  | |  || || | |||||   | || |    || |  ||||  ||||    || |||  ||||  ||||||| |||
GCGTGCGTTCTTCCTCCTCCCAAGAGATCTTCTTGTGCCAACTATGCTAGAGTTGTGAATCATATTTTGCAAGGCCTGACCAATTTGCAGgtatcttcctccattttcaattacatatgttgt--gtattgtgcatgtcataaatgtttcaatttgatgaacatttagcttttgtttgttctgtctctttcttaag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211230912|gb|FL222481.1|FL222481
EST:     ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAAT                         TTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTT
genomic: ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAATgtattgctct ... ctttctcaagTTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTT
EST: gi|71311078|gb|DR791853.1|DR791853
EST:     ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAAT                         TTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTT
genomic: ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAATgtattgctct ... ctttctcaagTTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTT
EST: gi|71300983|gb|DR786520.1|DR786520
EST:     ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAAT                         TTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTT
genomic: ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAATgtattgctct ... ctttctcaagTTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTT
EST: gi|89762829|gb|DY690269.1|DY690269
EST:     ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAAT                         TTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTT
genomic: ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAATgtattgctct ... ctttctcaagTTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTT
EST: gi|91876145|gb|EB406102.1|EB406102
EST:     ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAAT                         TTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTT
genomic: ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAATgtattgctct ... ctttctcaagTTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTT
EST: gi|74233408|gb|DT641322.1|DT641322
EST:     ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAAT                         TTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTT
genomic: ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAATgtattgctct ... ctttctcaagTTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTT
EST: gi|211230918|gb|FL222487.1|FL222487
EST:     ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAAT                         TTGTGGCTTANNGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGGATGGTGATC
genomic: ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAATgtattgctct ... ctttctcaagTTGTGGCTTAG-GTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGG-ATGGTGATC
EST: gi|149109143|gb|EE190035.2|EE190035
EST:     ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAAT                         TTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCCT
genomic: ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAATgtattgctct ... ctttctcaagTTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTT
EST: gi|211228853|gb|FL222474.1|FL222474
EST:     ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAAT                         TTGTGGCTTAGTTTGCCT
genomic: ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAATgtattgctct ... ctttctcaagTTGTGGCTTAGGTTGCCT
EST: gi|89251153|gb|DY622939.1|DY622939
EST:     ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAAT                         TTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTT
genomic: ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAATgtattgctct ... ctttctcaagTTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTT
EST: gi|71434207|gb|DR815257.1|DR815257
EST:     ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAAT                         TTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGG
genomic: ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAATgtattgctct ... ctttctcaagTTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGG
EST: gi|78117239|gb|DV535626.1|DV535626
EST:     ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAAT                         TTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTT
genomic: ATTATGCCAGAGTTGTGAATCAAATTTTGCAAGGCCTGACCAATATGAATgtattgctct ... ctttctcaagTTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTT